亚丁牦牛和拉日马牦牛均为肉乳兼用型优良地方牦牛资源,本研究对亚丁牦牛、拉日马牦牛及其它7个地方牦牛群体(九龙牦牛、金川牦牛、昌台牦牛、中甸牦牛、玉树牦牛、类乌齐牦牛)进行RAD简化基因组测序,检测SNPs信息,研究亚丁牦牛和拉日马牦牛的遗传多样性及各牦牛群体间的亲缘关系,并进行牦牛群体的选择压力分析。结果如下:1、经高通量测序共检测到20413266个SNP位点,亚丁牦牛SNP数量最多为7596791个,拉日马牦牛SNP数量为6163048个,昌台牦牛SNP数量最少为5472579个。2、亚丁牦牛和拉日马牦牛的观测杂合度分别为0.2186、0.2233,群体遗传多样性较低。亚丁牦牛的平均遗传分化指数Fst值最高为0.0653,血统构成纯正,与其它牦牛群体存在中度分化,这与PCA分析结果一致,可列为一个独立群体。拉日马牦牛Fst值最低为0.0443,其群体遗传结构较复杂,与九龙牦牛和麦洼牦牛存在基因交流,属麦洼牦牛的祖先群之一。3、以亚丁牦牛作为外群,将8个地方群体与其进行受选择压力分析,玉树牦牛、中甸牦牛、昌台牦牛、类乌齐牦牛、九龙牦牛、金川牦牛、拉日马牦牛、麦洼牦牛分别筛选到258、215、201、199、191、190、182、174个基因。对拉日马牦牛的182个基因进行GO功能分析,涉及肌肉发育的受选择基因包括:JPH1、ITGB1BP2、DMD、SEPTIN7、SGCE和PDE4D等,涉及免疫性状的受选择基因包括:TLR7和TLR8等。以上基因在其它牦牛群体中受到选择,推测亚丁牦牛在肌肉组织和免疫性状上具有独特的遗传特性,这为进一步探究亚丁牦牛群体进化的机制提供了一个新线索。本研究利用RAD高通量测序技术探究亚丁牦牛、拉日马牦牛及其它7个牦牛群体的遗传多样性、亲缘关系,对亚丁牦牛和拉日马牦牛遗传资源的保护与利用具有重要意义。