疾控机构作为实施基本公共卫生服务的主体单位，在重大传染病防控、健康危险因素监测、维护群众身心健康等方面发挥着重要作用。新医改政策的实施对医疗卫生工作，尤其是公共卫生工作提出了新标准、新要求，同时也带来新机遇和新挑战，新形势下如何加强疾控体系建设对于做好公共卫生工作、体现政府公共管理职能至关重要。　　本文采用回顾性研究、实证对比分析、层次分析法，结合市场供需、市场失灵等理论，从财政投入、人力资源配置、基础设施建设、机构软实力四个方面分析新医改背景下疾控体系建设现状，并针对评价指标进行权重分析。分析得出当前疾控体系建设中政府财政投入不足、疾控机构人员配置（年龄、学历等）不合理、公共产品供给质量与效率较低。论文通过探讨认为：新医改形势下加快疾控体系建设，需要政府、市场和疾控机构的多方合力推动。建议一是通过“硬化”疾控机构财政投入比例或数量，实施定向供给；探索疾控公共产品财政供给新模式等措施，建立政府财政多元化投入模式，为疾控体系建设提供财力保障。二是通过合理测算人员编制，启动实施“1135”人才培养计划，优化疾控机构人才梯队建设，为疾控体系建设提供人力保障。三是通过理顺机制、重新定位职能，明晰疾控机构事权；创新启动疾控机构线上线下营销模式等一系列具有可操作性的措施，为疾控体系建设提供核心支撑与效力保障。