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目的1、对2012年福州市手足口病进行病原学调查，旨在全面了解福州地区手足口病的肠道病毒谱，分析主要病毒型别的遗传进化特征，为手足口病的预防控制提供科学依据。2、鉴定2012年福州市CVA6阳性病例的比例，分析CVA6阳性病例的流行病学特征。方法1、收集2012年福州市区临床表现为手足口病的样本1031份，通过荧光定量RT-PCR、巢式RT-PCR以及NCBI提供的BLAST序列比对确定肠道病毒型别。2、利用CVA6特异性引物鉴定2012年福州市其他肠道病毒，分析CVA6阳性病例的三间分布。3、选择2012年的EV71、CVA16、CVA6阳性样本进行病毒分离和核酸提取，通过RT-PCR对其进行VP1和5’-UTR序列扩增，序列测定后使用mega5.02进行基因片段的拼接、比对和分析，并将福州株与GenBank上相关的代表株进行同源性和亲缘进化分析。结果1、1031份标本中878份EV阳性，检出率为85.16%（878/1031），其中EV71426例，阳性率为45.52%(426/878)；CVA1693例，阳性率为10.60%(93/878)；其他肠道病毒359例，阳性率为40.88%(359/878)，其中CVA6为218例，阳性率为24.83%（218/878）。此外，还发现CVA10和Echo3肠道病毒。2、流行病学特征。时间上：CVA6构成比情况在各月有较大差异，总体起伏明显。2012年9月的病例多数由其他肠道病毒引起，而且以CVA6为主。该月病例中CVA6型占62.50%。地区上：A6分布存在地区差异。永泰县明显高于全市其它县（市）区，A6阳性率为54.55%（95%CI:25.12%-83.97%）。人群间：0-5岁年龄组儿童为主要发病人群（构成比为94.04%）。男女性别比为1.66:1。3、福州EV71株与C4a亚型毒株具有最高的VP1同源性，为92.9%-97.3%，与2008年安徽阜阳毒株同源性为96.7%。VP1进化树显示：EV71可以划分为A、B、C三个基因型，福州株属于C4a亚型。在5’-UTR核苷酸序列方面，福州EV71分离株和C4a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性，为96.7%-98.8%。5’-UTR进化树显示，福州地方株与C4a亚型的众多毒株聚集成簇。4、福州CVA16地方株和B1b亚型代表株具有最高的VP1核苷酸序列同源性，为90.8%-93.2%。VP1进化树显示，CVA16可以划分为A、B两个基因型，福州地方株属于B1b亚型。在5’-UTR核苷酸序列方面，福州CVA16分离株和B1b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性，为94.8%-97%。5’-UTR进化树显示：福州地方株与B1b亚型的众多毒株聚集成簇。5、CVA6福州地方株与其原型株(Gdula株)的VP1核苷酸序列同源性为77.4%-79.8%。VP1进化树显示，CVA6可以划分为A、B、C三个簇（cluster），CVA6福州地方株属于Cluster C，福州CVA16分离株和C簇代表株具有最高的核苷酸序列同源性，为86.1%-98%。在5’-UTR核苷酸序列方面，CVA6福州地方株与A、C各簇分离株的核苷酸序列的同源性依次为89.1%-91.3%和91.7%-99.7%。福州CVA16分离株和C簇代表株具有最高的核苷酸序列同源性。5’-UTR进化树显示，基于5’-UTR和VP1基因的树形在形态上接近。结论1、EV71、CVA16和CVA6是福州市HFMD的主要肠道病原体。CVA6病毒已经超过CVA16成为第二大病原体。2、2012年福州EV71型属C4a亚型，CVA16为B1b亚型，CVA6属于C Cluster，与近几年中国大陆各基因型优势株流行趋势基本一致。3、福州地区手足口病肠道病毒的三个型别（EV71、CVA16、CVA6）在基于VP1和5’UTR区的进化树的形态接近。综合运用这两种进化树可能有利于临床诊断和疾病防控。