随着我国经济进入新阶段、经济增长进入新常态,在我国创新驱动发展战略的背景下,企业提高自主创新能力的关键途径是研究开发活动。生物医药公司作为一类典型的高科技企业,一个关系国民身心健康的知识密集型、创新型的产业,研发费用持续投入并切实提高创新产出和创新效益对企业发展来说至关重要。但生物医药企业的研发活动具有周期长、风险高和回报不确定性的特点,各国政府在财税政策方面不断制定和完善了一系列鼓励研发创新的税收优惠政策和政府补助,尤其是研发费用加计扣除优惠政策,该政策是企业所得税的一项税基式优惠政策。加计扣除政策目的是引导和激励企业增加研发费用创新投入,改善研发条件,提高创新产出能力,为企业创造更多的创新效益。加计扣除政策不断升级,在2016～2019年间连续实施了财税[2015]119号、财税[2017]34号文、财税[2018]99号文,此处我们将财税[2015]119号、财税[2017]34号文、财税[2018]99号文称为加计扣除新政策。研发费用加计扣除新政策在加计扣除率、研发费用归集、核算方法、企业适用范围等关键问题上做了重要改革,而新政效果如何有待检验,政策发展方向也值得探讨。本文选取W生物医药企业作为典型案例,力图对加计扣除政策财税[2015]119号文、财税[2017]34号文加上财税[2018]99号文的新政策对该企业的影响进行深入的、多维度的探究。通过从企业创新链视角的“创新投入-创新产出-创新效益”三个维度研究分析加计扣除新政策的对企业实施情况及效果,政策通过降低企业研发成本,能否激励企业增加研发费用投入,提高研发强度,从而对企业的创新产出产生正向影响,并提高其创新效益?创新效益的提高对企业实现较高的投入产出比效果如何?最后针对W生物医药企业在研发费用加计扣除处理中,发现存在的问题并提出建议和策略,以小见大,以期能为W生物医药企业乃至其他企业规范研发费用加计扣除处理方面以提高自主创新能力提供事实依据和经验参考。希望通过本文的研究对企业如何利用新政促进研发创新和政府如何更好的推进新政策的实施提供相关的建议。