在日益复杂的空间竞争环境中，实现航天器自主轨道确定是减轻地面测控系统工作负担、充分发挥航天器自身潜能的必然要求。X射线脉冲星导航技术适用于近地轨道、深空探测和星际飞行的航天器自主导航，对于国防和国民经济建设具有重要的战略意义。在航天器导航系统缺乏其它辅助导航支持，航天器迷失于宇宙空间，导航系统处于初始化或恢复的极端情况下，会出现整周模糊度问题。本文针对这一问题，从X射线脉冲星自主导航的应用背景出发，首先，介绍了X射线脉冲星导航系统基础理论，进行整周模糊度解算的意义和原理。其次，深入研究了三种整周模糊度解算方法：单差搜索法、最小二乘搜索法和经典待定系数法，对其进行详尽的原理阐述和仿真分析。接着，提出一种基于卡尔曼滤波的模糊度解算方法，在算法理论分析的基础上进行仿真计算，与前三种方法进行对比，结果表明基于卡尔曼滤波的解算方法在正确求得整周数解的同时具有较短的计算时间。最后，本文提出了将该方法用于X射线脉冲星导航算法中的航天器轨道初始值确定，并且进行了原理阐述和仿真分析，结果显示此应用方法可行。