现代城市的复杂性决定了城市管理工作的复杂性，各部门无法单独解决问题，部门间必须进行有机合作，即“跨部门协同”，由于要素众多、信息繁杂、部门职责交叉等客观情况，城市管理中的跨部门协同难度较大、协同问题表现突出，具体表现为城市管理工作的无序和低效。本文选用协同理论视角，采用实证和访谈研究方法，以南沙区智慧城市管理运行指挥中心为实际案例，深入研究城市管理中的跨部门协同问题，深入探讨了南沙区城市管理中跨部门协同的做法、问题和原因，并从体制、机制、技术层面提出了一整套对策建议。在体制层面，临时指挥小组效率不高，应构建高位协同机构，通过领导重视和行政级别保证协同；在机制层面，权责不明，考核主观，应构建一套权责清晰的运行机制，并进行量化考评；在技术层面，流程繁琐，延误处置时机，应运用智慧城市、大数据、云计算等前沿技术，搭建协同工作平台，从资源、工作流等方面切实执行跨部门协同。在理论研究和实践的基础上，本文总结出集中管理、权责清晰、形成闭环是城市管理领域跨部门协同的重要影响因素，这三个因素共同作用，促进跨部门协同。集中管理运用整体政府思想，实现管理扁平化和资源集中，减少冗余环节，跨部门协同更加便捷高效；权责清晰省略了“确权”环节，避免了部门间的重复办事和互相推诿，可通过多线派发机制有效完成，并通过应用系统保障执行；形成闭环则让协同流程不断自我修复与发展，量化考评，实时监督与反馈是形成闭环的重要环节。