自世界合作社经济诞生以来,其价值与功能正在受到越来越多的关注。目前,直接或间接获得到合作社经济带来收益的人口已接近全世界人口总量的二分之一。长久以来,合作社经济呈现出蓬勃发展之势,在许多国家已经成为重要经济力量,发挥着无可替代的作用,具有重要的功能与意义。合作社是农业合作组织的一个重要组成部分。从国外发达国家的情况来看,农业合作组织越完善,农业现代化、集约化程度越高。在国内,农民专业合作社同样是中国最主要的新型农业合作组织的形式之一,是农村经营体制、现代农业不断发展和完善的必然趋势,能够有效引导农民进入市场和加强农业组织化程度,能够为促进农村经济发展和农民增收提供有效途径。2007年7月1日,《中华人民共和国农民专业合作社法》的颁布,预示中国农民专业合作的发展已经开始步入有法可依、规范管理的正轨。2010年6月农业部颁布实施的《农民专业合作社示范社创建标准(试行)》,更进一步表明中国农民专业合作社正在坚持不懈的逐步探索走规范化发展之路。截至目前多种形式的农民专业合作社正在全国范围内推广成立,已形成一定规模,但是总体发展上仍然是处于初始阶段,制度环境建设不够完善,困难重重,在发展中暴露出种种不规范的问题,农业依然未能真正跳出传统农业的框架。农民专业合作社作为一种农村经营组织,其运营紧紧依靠在所处的区域环境中,两者之间的相互影响不可避免。本文研究立足于山东省区域的农民专业合作社,在阅读国内外农民专业合作社文献的基础上,对农民专业合作社发展中的困境与问题进行系统地探索,并结合实证研究,因地制宜的提出适合山东省农民专业合作社发展现状的建议与对策,以此为全国农民专业合作社的发展提供有参考价值的案例分析。本文主要分成六个章节展开研究:文章开头部分主要概述研究背景与意义以及国内外相关文献中的观点,并简要描述研究视角和研究方法的创新性;第二章节主要是阐述相关概念的界定以及交易费用理论、现代组织理论、合作理论、博弈论;第三是针对山东省农民专业合作社运营具体状况的描述,由于农民专业合作社发展与区域内经济环境的发展息息相关,本文首先陈述山东省整体经济发展概况,进而再详细解读山东省农民专业合作社的基本状况与类型;第四是运营效率实证研究,首先确定模型的选择,随后基于山东省农民专业合作社的官方统计数据和实地调研获得的数据,从人力资源、土地资源、资金三个投入变量和年营业额、年可分配额两个产出变量科学合理的建立评价指标体系,并利用BCC模型以投入为导向统计分析合作社的运营效率并得出结果。其次对模型结果进一步按照产业类型、经营规模等方面进行分析;第五是分析山东省农民专业合作社运营中存在的困难与瓶颈;最后在第六部分中依据实证结果针对提出的困难与问题给出合理的对策建议。