“十三五”期间是中国全面建成小康社会的决胜阶段,科技创新与研究是全面建设小康社会的重要内容,而科研经费作为科学研究工作的根本和基础,它的作用关系到科学研究事业的正常运行。近几年来,我国科研经费投入大幅度增长,仅2016年我国用于科研的经费支出规模(R&D)就达到了15676.7亿元。如何管好用好科研经费,已经成为推动科技创新研究和发展的必然要求。随着我国医疗卫生事业的深入发展,国家对公立医院科研经费投入的比例也呈快速递增的趋势,科研经费的投入量与对应产出都逐年增加。然而由于缺乏有效的监管机制,不少公立医院的科研项目,在科研经费使用过程中出现了违规使用、挪用的现象。如何使公立医院的科研经费能够高效、合规使用,并且发挥更大效益,进而创造更多科研成果?在国家医疗体制改革不断深入的同时,公立医院传统的科研经费管理模式也应该顺应形势变化进行优化和改革。本文通过对国内外科研经费管理研究现状的总结,以上海J医院为研究对象,通过对公立医院科研经费管理现况、管理模式的研究分析,利用调查问卷,探寻公立医院科研经费管理中存在的突出问题,并分别从国家、医院管理和科研人员自身三个层面分析问题产生的原因。同时借鉴国内外医院、高校以及科研机构先进的科研经费管理经验,探寻公立医院科研经费管理的优化策略。本文在全面预算管理、委托代理等理论基础上,利用PDCA循环管理模式,与公立医院科研经费管理中的经费预算编制、经费执行、经费绩效评价和经费监督管理等环节相结合,期望通过PDCA动态循环的全面预算管理模式优化和完善上海J医院的科研经费管理,同时通过科研经费信息系统的改进以及科研经费绩效评价的完善,提高公立医院科研经费管理的效率。希望通过本文的研究,为公立医院科研经费管理提供优化和改进的对策及借鉴方案。