【摘 要】
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增强子是短基因组区域,通常对远程编码区域发挥组织特异性调节作用.在原核和真核基因组中均可以观察到增强子,准确的识别增强子片段有助于更好地理解转录调控机制.本文将每个k-mer（SeqPose）的位置信息引入DNA序列的编码策略中,并结合双向长短期记忆神经网路以及注意力机制构建增强子分类器.本文提出的分类器的第一层用来识别增强子和非增强子,第二层评估检测到的增强子的转录调控强度.不同的是,现有的研究
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增强子是短基因组区域,通常对远程编码区域发挥组织特异性调节作用.在原核和真核基因组中均可以观察到增强子,准确的识别增强子片段有助于更好地理解转录调控机制.本文将每个k-mer（SeqPose）的位置信息引入DNA序列的编码策略中,并结合双向长短期记忆神经网路以及注意力机制构建增强子分类器.本文提出的分类器的第一层用来识别增强子和非增强子,第二层评估检测到的增强子的转录调控强度.不同的是,现有的研究集中于DNA序列上碱基的统计特征,而本研究没有利用DNA序列的统计特征.本文假设不同的DNA特征向量可能对分类模型产生不同的影响,因此引入注意力机制为这些特征向量分配不同的权重.最终本文将提出的模型（spEnhancer）在相同的数据集上与现有的模型进行比较.训练集上的留一法验证表明,sp Enhancer与现有的三个分类模型相比可以实现相似的分类性能.而独立测试集上的实验结果表明,相比较于现有的最佳分类器,sp Enhancer在衡量模型的稳定性指标（MCC）上表现最好.综合实验结果表明,去除冗余位置（Seq Pose）的算法有助于提高基于DNA序列特征向量的分类模型的精度.因此本文提出的sp Enhancer可以很好地用作现有研究的补充模型,特别是对于训练数据集中未包含的未知增强子.
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