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葱是一种重要的保健蔬菜,在我国具有较大的种植面积。葱资源遗传多样性和种间杂种鉴定研究对葱种质保护性利用、提升葱育种的水平以及缩短育种时间等均具有积极意义和参考价值。本研究采用ITS序列分析法和SSR标记方法对不同来源的葱属品种进行系统发育和遗传多样性分析,同时建立了一种快速鉴定大葱和洋葱种间杂种的方法,结果表明：1)葱属13个种的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)的序列分析表明,5.8 S基因平均存在10变异位点,其中楼葱、新化香葱、大葱与洋葱的两杂交种的变异位点居多,而其它种仅有几个变异；序列比对表明,13种葱属物种的ITS序列总长度为636-655 bp, ITS区域的GC含量差异大,为42.7-49.6%,且ITS1的长度范围为237bp-251bp,而ITS2的长度大小为228 bp-244 bp。聚类结果表明鸡腿葱、大葱、阿尔泰葱亲缘很近,洋葱与分蘖洋葱亲近,而大蒜、韭葱、韭菜的亲缘关系近；同时发现楼葱是杂交种,而兴化香葱是由杂交种不断进化而来的新品种。2)以洋葱、大葱及其杂种一代为材料,利用PCR-RFLP技术分别对其核糖体DNA内部转录间隔区(ITS)和细胞质线粒体DNA的srRNA基因V7进行分析,结果显示：大葱ITS序列没有Dde I酶切位点；而洋葱被Dde I酶切成两个大小不同的片段；Fl杂种具有两亲本的ITS序列酶切模式。细胞质线粒体srRNA基因的V7区域的扩增表明F1杂种和亲本有大小一致的单一片段,经RsaI酶切后,大葱有约0.3 kb条带,稍微比洋葱的小,两亲本都含有另外一条小(约0.1 kb)条带。对25份杂种材料进行鉴定,22份的母本为大葱,3份为假杂种。3)从40个SSR引物中筛选出13对多态性高的引物对153份葱种质基因组DNA扩增出片段大小400bp-1200bp之间的42个等位变异,平均每对引物扩增出3.3个等位变异。基于SSR标记把153份种质聚类为3大类群。