基于在线数据库挖掘miR-202-3p和miR-15b-5p在复发难治性正常核型急性髓系白血病中的作用

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:aiyis88
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:miRNA在急性髓系白血病(AML)的发生发展过程中发挥重要作用。目前有关miRNA的分子生物学研究中已取得了一定进展,但miRNA在AML中的作用仍有待挖掘。本文旨在利用GEO数据库筛选在复发难治性正常核型急性髓系白血病(NK-AML)中差异表达的miRNAs(Differentially Expressed miRNAs,DE miRNAs),并分析DE miRNAs在NK-AML中的作用。方法:1.利用在线数据库GEO下载NK-AML骨髓或外周血组织的miRNA表达谱数据,将数据分为复发难治组与无复发组,借助R软件获得两组样本中差异表达明显的miRNAs,利用GraphPad Prism7软件进行生存分析,绘制生存曲线。2.通过在线预测网站预测DE miRNAs的靶基因,对靶基因进行GO功能富集分析,KEGG通路富集分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶基因的蛋白-蛋白互作网络(Protein-protein interaction network,PPI network),并找出其关键基因。3.利用GEO下载NK-AML外周血组织的基因表达谱数据,分为初发组与复发组,分析关键基因的表达水平。结果:1.从GEO数据库中获得由GPL18403注释的GSE55770芯片数据,利用R软件的Limma包进行筛选,获得了2个在复发难治组中下调的DE miRNAs,分别是miR-202-3p和miR-15b-5p。利用GraphPad Prism7软件,分别绘制与两个DE miRNAs的表达情况相关的生存曲线,结果显示两个DE miRNAs表达水平与NK-AML患者的预后明显相关,miR-202-3p和miR-15b-5p低表达的患者生存期明显低于高表达患者的生存期(P<0.05)。2.利用miRTarBase和Targetscan对上述2个miRNA进行靶基因预测并取得交集,miR-202-3p共预测到195个靶基因,miR-15b-5p共预测到33个靶基因。3.对miR-202-3p靶基因基因本体分析(GO分析),在生物过程组中,主要富集于细胞应激反应的调节,细胞对生长因子刺激的反应,蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节,心脏发育,激素刺激的细胞反应,运动的正向调节,有丝分裂细胞周期的G1/S转换,间充质发育,内质网应激反应,结合调节,胚胎上皮管形成;在分子功能组中,主要富集在RNA聚合酶II调控区序列特异性DNA结合,蛋白异二聚反应,组蛋白去乙酰化酶结合,蛋白C末端结合,翻译调控活性,生长因子结合,铁硫簇结合,单链RNA结合等;在细胞成分组中,主要富集于转移酶复合物,运输小泡,谷氨酸能突触,片状伪足,转录抑制复合物等。KEGG通路富集分析中主要富集于p53信号通路、HIF-1信号通路、DNA复制通路。对miR-15b-5p靶基因基因本体分析(GO分析),在生物过程组中,主要富集于泛素依赖性蛋白质分解代谢过程,淋巴细胞活化,蛋白质乙酰化,胰腺发育,细胞对生物刺激的反应,嘧啶核苷酸生物合成过程,经MHC II类的抗原处理及外源性肽抗原呈递等;在分子功能组中,主要富集在泛素蛋白转移酶活性,转录辅助活化因子活性,胰岛素受体底物结合,微管运动活性等;在细胞成分组中,主要富集于转移酶复合物,转移含磷基团,细胞膜侧面,组蛋白乙酰转移酶复合物等;KEGG通路富集分析中主要富集于胰岛素抵抗通路,泛素介导的蛋白质水解通路,血管加压素调节的水的重吸收通路,p53信号通路,人类T淋巴细胞病毒I型感染通路,T细胞受体信号通路。4.利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶基因的PPI网络,利用Cytoscape软件中的cytoHubba插件和MCODE插件分析PPI网络结构分别找出miR-202-3p和miR-15b-5p的关键基因。从GEO数据库中获取由GPL11532注释的GSE66525芯片数据,分为初发组与复发组,分析关键基因表达水平,结果显miR-202-3p的下游关键基因中MYCN在复发组表达水平明显高于初发组(P<0.05);miR-15b-5p的下游关键基因中KLC2在复发组表达水平明显高于初发组(P<0.05)。结论:1.在GSE55770数据集中miR-202-3p在复发难治组中下调,生存分析结果表明miR-202-3p低表达组生存期明显低于高表达组,在GSE66525数据集中发现miR-202-3p下游关键基因MYCN在复发组中高表达,提示下调的miR-202-3p通过上调MYCN基因的表达,可能参与复发难治性NK-AML的发生,并缩短患者的生存期。2.在GSE55770数据集中miR-15b-5p在复发难治组中下调,生存分析结果表明miR-15b-5p低表达组生存期明显低于高表达组,在GSE66525数据集中miR-15b-5p的关键靶基因KLC2在复发组中高表达,提示下调的miR-15b-5p通过上调KLC2基因的表达,可能参与复发难治性NK-AML的发生,并缩短患者的生存期。
其他文献
对口援疆工作,从50年代开始,到西部大开发,再到2010年,新一轮的全国19个省市“一对一”的“精准”援助,历经了很长时间。这期间,2010年的援疆和之前的援疆无论是背景还是内涵
在普及通信和网络的时代,民众对通信网络质量的要求很高。通信网设备故障不但会导致网络质量下降,还会对用户体验产生负面影响,甚至会造成经济上的损失。由此,对于通信网络质
近年来,有机化学家和药物化学家们格外重视CF3基团的作用,CF3基团的特别之处源自氟原子的强电负性等特别性质,作为一个空间位阻比异丙基稍大的基团,它的作用却远远超出了只是
近年来,我国的民办教育事业取得了较快的发展,已成为我国教育事业的重要组成部分。发展民办教育是市场经济在教育领域的客观反映和内在要求,民办教育在过去三十年的发展中,从
随机激光作为一种新型的光源,在成像、生物医学等领域有着广泛的应用前景。为了推动随机激光器的发展和应用,设计和控制随机激光辐射特性方面的研究成为该领域的一个热点。本
手机依赖是个体在使用手机时出现过度使用导致的沉迷状态,会对个体生理、心理和社会功能发展产生负面影响。手机依赖会对中职生的心理和行为产生一系列负面影响,中职学校的幼
图像是人类获取信息的重要途径,人类可以通过对图像的分析去认知世界、做出判断。随着计算机技术快速发展,图像已经被应用到公共交通安全、遥感卫星图像、户外视频监控等各种
本论文主要在拓扑向量空间中考虑函数φ:X×X×R++→[0,+∞],对任意的x,y∈X,α∈R++,定义φ(x,y,α)= sup{λ:0 ≤
敬业作为公民层面的价值要求之一,在党的十八大上被提升到社会主义核心价值观的高度。十九大报告指出“建设知识型、技能型、创新型劳动者大军,弘扬劳模精神和工匠精神,营造
生物识别技术是指通过计算机利用人体所固有的生理特征(指纹、虹膜、脸部、血管等)来进行个人身份鉴定的技术。而增强现实是一种利用计算机产生的附加信息对使用者观察到的真