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为保护野生亚洲黑熊(Ursus thibetanus)种群、维护其圈养种群的可持续发展,开展种群管理时亟需保护遗传学领域的理论和技术支持。主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)作为适应性分子标记,既能用于评估种群遗传多样性,还可以反映种群在进化过程中受到的选择压力和对环境的适应能力。由此我们利用PCR结合克隆测序的方法研究了亚洲黑熊种群MHC-DQB基因多态性水平及其进化选择压力和系统发育关系。主要研究结果如下:在144只亚洲黑熊样本中得到44个DQB等位基因(398bp),包括内含子1片段95bp、全部第二外显子270bp和内含子2片段33bp,分别命名为Urth-DQB*1～Urth-DQB*29,Urth-DQB*33～Urth-DQB*47。截取外显子2序列,共得到33个DQB外显子2等位基因。亚洲黑熊圈养种群和野生种群的单倍型多样性分别为0.926±0.006、0.925±0.013,核苷酸多样性分别为0.0531 ±0.0044、0.0547± 0.0054,等位基因间平均核苷酸差异分别为21.146、21.749,未发现明显差异,圈养种群与野生种群遗传多样性水平相近。亚洲黑熊长白山地理种群和俄罗斯地理种群的单倍型多样性分别为0.922 ±0.020、0.933±0.022,核苷酸多样性分别为0.0530±0.0053、0.0531 ±0.0026,等位基因间平均核苷酸差异分别为21.074、21.132,不存在明显差异,长白山地理种群与俄罗斯地理种群遗传多样性水平相近。亚洲黑熊大陆种群和岛屿种群(日本亚种)的单倍型多样性分别为0.923±0.005、0.644±0.028,核苷酸多样性分别为0.0567± 0.0063、0.0355±0.0020,等位基因间平均核苷酸差异分别为15.318、9.662,大陆种群遗传多样性显著高于日本岛种群。亚洲黑熊东北亚种单倍型多样性为0.910±0.014,核苷酸多样性为0.0580±0.0068,等位基因间平均碱基差异为15.650,遗传多样性高于日本亚种。亚洲黑熊DQB基因抗原结合区与整个外显子2区域的非同义突变率均大于同义突变率(dN/dS>1),受到平衡选择,进化过程中平衡选择维持亚洲黑熊MHC基因多态性。大陆地区亚洲黑熊DQB座位的抗原结构域在进化过程中经历了比日本地区亚洲黑熊和大熊猫更强的选择作用,亚洲黑熊和棕熊受到的选择压力大于大熊猫、纳米比亚猎豹和欧洲水貂等濒危物种。在亚洲黑熊和大熊猫中发现了共享基因,说明DQB基因存在跨物种进化现象。进化树可分为两大支,但无法根据进化树拓扑结构确定亚洲黑熊DQB座位分布。Urth-DQB*2017-14和Urth-DQB*2017-17作为优势等位基因可能在抵抗病原体中扮演重要角色。