猪非典型瘟病毒（atypical porcine pestivirus,APPV）可导致患病仔猪全身肌肉震颤、八字腿、运动障碍和吮乳受阻,严重可导致死亡。相关研究表明该病毒是引起仔猪先天性震颤（Congenital tremor,CT）A-II型的主要病原。目前APPV在四大洲、14个国家均有报道,给全球生猪养殖造成巨大的经济损失。其中仔猪感染率较高,成年猪大多呈隐性感染,且与猪相关的多种病毒存在共感染情况。因此建立高效灵敏的分子检测方法有助于对该病毒进行早期检测和防控。本研究依托分子检测金标准的TaqMan荧光定量PCR平台和具有绝对定量、超高灵敏性等特点的第三代新型微滴式数字PCR（droplet digital PCR,dd PCR）检测系统,建立了多种APPV分子检测方法,并将其应用于临床样品检测、病毒共感染研究和组织器官病毒载量研究,并对本研究建立的多种分子检测方法进行比对评价,以期获得满足临床需求的高效灵敏的检测方法,本研究取得如下结果:1、仔猪先天性震颤相关病毒多重TaqMan荧光定量PCR方法的建立与应用通过对APPV NS3基因、猪瘟病毒（Classical swine fever virus,CSFV）E2基因、圆环病毒3型（Porcine circovirus 3,PCV-3）ORF2基因和猪捷申病毒1型（Porcine teschovirus 1,PTV-1）VP1基因进行分析比较,设计特异性引物和探针。对所建立的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法的特异性、灵敏性和重复性进行评价。结果显示所建立的检测方法线性关系良好;重复性试验变异系数小于2.1%,在重复性和稳定性方面优势明显;对多种病毒进行特异性检测,仅有阳性模板有荧光信号,特异性强。多重TaqMan荧光定量PCR方法对CSFV、APPV、PTV-1和PCV-3检测的最低拷贝值依次为48 copies/μL、9.2x102copies/μL、17 copies/μL和56 copies/μL,灵敏度最低比普通PCR高100倍。使用该方法对四川部分地区规模化猪场273份临床疑似样品进行检测,结果显示,APPV、CSFV、PTV-1和PCV-3阳性率分别为20.5%、2.9%、1.5%和10.6%。四川各地区猪场均存在以上四种病毒共感染情况。对不同猪群APPV感染情况统计后发现,仔猪感染率最高,达到了24.3%,成年猪多存在隐性感染并通过各种途径向外排毒。综上所述,本研究建立的多重TaqMan荧光定量PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、重复性好等特点,可用于仔猪先天性震颤相关病毒的鉴别诊断和相关病毒共感染情况流行病学调查。2、猪非典型瘟病毒微滴式数字PCR方法的建立与应用为建立更加灵敏高效的检测方法,根据Gen Bank中上传的APPV基因序列,设计合成一对特异性引物和探针,并对引物探针用量及反应条件进行优化。结果显示,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法相关系数R2=1,扩增效率E=96.6%,最低检测限为92 copies/μL。dd PCR方法相关系数R2=0.999,最低检测限为0.15 copies/μL。对135份临床样品进行检测发现,检测灵敏性依次为dd PCR>RT-q PCR>RT-PCR,其中dd PCR相较于其他两种方法,在灵敏性和特异性上优势明显。仔猪自然感染APPV后,利用建立的dd PCR方法对不同组织器官中APPV分布情况进行检测后发现,该病毒主要分布在中枢神经系统和淋巴结中。结合组织病理切片发现,中枢神经系统和淋巴结多发生充血肿大,组织切片可见损伤组织器官中多见有明显的神经元细胞坏死并形成空腔,病理损伤与病毒分布情况具有相关性。