我国大型公立医院是由国家开办，以公益性为原则，不以营利为目的的医疗机构。但当今社会上“看病难、看病贵”的呼声却越来越高。在众多人看来公立医院正逐渐丧失其公益性。然而众多医院的管理者谈及这类问题，大多将这种情况归结为政府医疗技术服务的收费定价不合理，补偿机制不到位，使得公立医院常常难以平衡社会责任、患者安全与医院生存发展这三者的关系。我国“医药分开”改革各地探索路径颇多，但“以药养医”的改革效果甚微。本文从“医药分开”的前提下，对上海市12家市级综合性三级甲等医院入手，通过对它们的财务数据、成本核算数据以及内部绩效数据的分析,从而深入研究政府对大型公立医院的财政补助、成本核算、绩效考核等几个方面的问题，尝试建立起一套国家对公立医院以公益性为导向的补偿机制。论文主要内容如下：第一部分介绍了论文的研究背景，目的与意义，研究方法与基本结构及本研究的创新点。第二部分研究目前我国大型公立医院的补偿机制，以及该机制对医院的医疗行为和内部激励所产生的影响，同时对比国外公立医院的补偿机制，阐述目前补偿机制的主要缺点。第三部分研究目前政府为保证公立医院的公益性。主要以上海市级医院实行的院长绩效考核与医保考核方法为具体案例，阐述这些考核措施所产生的作用与弊端。第四部分对医药分开前后相关利益方博弈的药品供需平衡建立相关数学模型，用数学模型证明了医药分开对药品供需平衡的具体影响，特别是有医保条件下的影响。同时，还分析了医药分开后对高层次医师激励机制的影响，并且提出了具体的医药分开的改革路径，包括具体原则和补偿途径。第五部分尝试构建一套以医药分开为前提，以绩效为导向的公立医院补偿机制，希望凭借此机制能使得医院在有限的财政补偿能力下彻底平衡社会责任、患者安全与医院生存发展这三者的关系，使公立医院始终保持应有的公益性。第六部分是总结。总结本文主要观点与内容，提出研究不足之处与以后研究方向。