在“营改增”及“金税三期”实施以前,医药企业利用信息不对称、不透明的情况,不规范经营,偷逃税款情况是时有发生。近些年来,医药行业已被国家税务总局列入重点检查行业。特别是为降低药品价格,减少流通环节的两票制在2017年全面落地,使得医药行业企业的经营行为变得也更为规范。如何有效地进行税务筹划,从而帮助本企业降低涉税风险和规范纳税,提升本企业经济效益,是众多医药企业关心的问题。本文以BT医药公司为研究对象,在国家推行药品购销两票制政策（简称“两票制”）及“金税三期”之下,基于税务筹划理论分析BT医药公司宏观、微观环境,综合运用文献研究法、案例分析法、比较分析法分析,从流通企业税务情况和企业经营的过程中增值税以及所得税两方面,有针对性地分析目前企业税务工作中的不足之处,找到其存在的问题和税务筹划机会,提出解决存在问题的策略和方法,从实际的角度解决BT医药公司存在的问题,提升了公司的整体收益。为促进BT医药公司实现企业整体收益的最大化和企业战略的实施提供了可借鉴的思路。论文提出的设立软件企业进行增值税的纳税筹划对于拓展税务筹划思路具有一定的借鉴作用,提出的利用小微企业优惠政策分设子公司进行所得税税率筹划则更具有普遍借鉴价值,能够给众多医药企业在降低税负方面提供一定的参考。税务筹划是一项复杂性很高的系统工作,论文希望能从实际的角度解决BT医药公司存在的问题,同时能为众多医药企业税务筹划提供参考。