大豆[Glycine Max（L）.Merry]因其具有较高的营养价值备受人们青睐,不仅含有丰富的蛋白质,还含有较高的脂质。但是近年来国内种植大豆日益减少,市场需求量较高,加速了大豆连作现象的发生。丛枝菌根真菌-摩西管柄囊霉（Funneliformis mosseae）能够与宿主植物形成互惠共生体,其对植物生长发育具有极强的促进作用,它不仅可以增强植物对养分、矿物质和微量元素的吸收,同时还增大了植物根系的吸收面积、强壮根系,从而缓解连作障碍。本试验以大豆品种黑农48作为试验材料,将AM真菌-F.mosseae接种到连作3年的盆栽大豆中,44d后接入尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）,观察大豆生长发育变化。试验设置3个处理组CK组（自然生长）、F组（接种F.oxysporum）、AF组（接种F.mosseae+F.oxysporum）,运用代谢组学和转录组学联合分析对大豆根系进行差异表达基因及差异代谢物的鉴定,结果如下:1.大豆根系根腐病发病等级的检测,结果表明F组＞AF组＞CK组;根系侵染率的测定结果表明AF组＞CK组＞F组,CK组与F组侵染率较少;大豆株高结果表明,大豆种植75d、90d时呈现出CK组=AF组＞F组的趋势;大豆干重结果表明,60d和75d时都是AF组＞F组,且二者组分有极显著差异。2.转录组学分析,共得到46993个Unigene,对这些基因进行注释,并按照一定的标准进行差异表达基因的筛选,如CKvs AF组分有1363个上调表达Unigene,有1256个下调表达Unigene。将这些差异表达基因富集到KEGG中,Fvs AF组得到差异代谢通路共132条,CKvs AF组差异代谢通路110条,如苯丙烷类生物合成、异黄酮类生物合成、黄酮与黄酮醇生物合成、泛醌和其他萜类醌生物合成等,共富集到差异表达基因共有2731个。3.代谢组学分析,将所得数据进行OPLS-DA和PCA分析,得出Fvs AF组中有19个差异代谢物上调,20个下调;CKvs AF组中16个差异基因上调,14个下调。富集到KEGG中,Fvs AF组得到差异代谢通路共38条,CKvs AF组差异代谢通路34条。如硫苷生物合成、异黄酮类生物合成、芳香族化合物的降解、类黄酮生物合成、苯丙烷类生物合成等。4.转录组学-代谢组学联合分析,分析差异代谢物富集的代谢通路和代谢物上下游差异表达基因的含量变化。最终差异代谢途径为:苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成、异黄酮类生物合成等。共得出差异代谢物L-Phenylalanine、Isoliquiritigenin、Daidzein、L-Proline、Pyridoxine等14个差异代谢途径和19个差异代谢物质。综上所述,F.mosseae对连作大豆的影响是全面的、系统的,通过增加抗病基因的表达,进而提高酶的活性,达到调控代谢产物的差异。本试验从代谢组学和转录组学层面进行深入探究,为AM真菌缓解大豆连作障碍提供理论依据,也为改善植物-土壤微环境提供了前期实验基础。