作为具有多重属性和多功能性的战略性资源，水资源正日益影响全球的环境与发展。积极采取措施优化配置水资源，缓解用水冲突，制定和实施科学的水资源管理与保护的法律制度迫在眉睫。水功能区管理法律制度是一项基础性的水资源保护制度，它在运行中的效用如何关系到整个水资源保护工作能否顺利开展，水资源管理目标能否达成。 依据水功能区法律制度是一种供给主导型制度，以及它通过政府主导的强制性制度变迁方式而产生的特点，本文主要采用了新制度主义法经济学的分析方法，建立了可以适用于水法制度分析的一般框架，透过大量的调查统计数据，深入而又实证的分析了该项制度安排所依存的制度环境与立法现状，在此基础上，按照制度变革的轨迹，尝试着分析了制度的需求一供给关系，并对该制度是否实现均衡作出判断，随之进一步探讨了，在制度非均衡的情形下，制度供给的成本一收益关系，最终就有关水功能区管理的法律制度设计提出了一些构想。