随着社会经济的发展,以企业集团形式存在的关联企业越来越多,关联企业的破产问题也随之凸显。与单体破产相比关联企业破产的特殊性在于企业之间存在大量的非市场化交易行为,企业间法人独立人格、资产、债务等都存在严重混同,如果仅运用传统单体破产方法解决关联企业破产必然会产生大量的破产违法行为,不利于保护债权人的公平求偿权,同时也不符合《中华人民共和国破产法》(以下简称《破产法》)所追求的效率价值目标。因此最高人民法院《全国法院破产审判工作会议纪要》(以下简称《会议纪要》)中关于实质合并的相关内容意味着此项制度在我国初步确立,但是《会议纪要》仅确立了我国实质合并制度的原则性条款和大体框架,仍然有许多问题需要后续的研究和立法确认。本文主要研究实质合并在破产重整中的运用。本文第一部分主要介绍了关联企业实质合并重整的理论基础,该部分从三个角度出发论证实质合并重整的制度和理论基础。首先通过分析现行立法发现我国针对关联企业重整方面的立法空白,寻求合并重整制度在公司法和破产法上的立法空间;其次通过分析各种学说论证合并破产的正当性与合理性,包括实质合并的理论来源、法哲学、法经济学、民法;最后以比较法的角度,通过考察合并破产在美国的发展进程,寻求适合我国国情的发展经验。本文第二部分主要介绍了关联企业进入重整程序面临的困境,该部分从两方面对研究内容进行了分析,首先通过分析关联企业破产的特殊性引出关联企业重整可能损害的法律价值,包括破产法的实体和程序价值以及重整制度的价值。其次,分析了针对关联企业合并重整现有的规制手段及每种手段存在的缺陷。通过这两方面的分析能够清晰的掌握关联企业合并重整的困境。本文第三部分介绍了我国关联企业实质合并重整制度的完善建议。该部分从四个角度出发提出我国合并重整制度的完善建议。一是要完善立法,改变立法缺失现状;二是明确合并重整的适用原则;三是构建实质合并重整适用标准体系;四是完善合并重整的启动程序。