本研究通过广泛收集海南岛益智(Alpinia oxyphylla Miq.)种质材料,从它们的植物学性状、农艺学性状及ISSR分子标记等方面分析益智种质资源的遗传多样性；并初步探索了益智种子的生物学特性,为益智进一步开发和合理利用提供参考依据。其意义在于首次比较系统的调查了益智的植物学、农艺学性状多样性,首次对益智种子的生物学特性进行研究,为益智的品种选育、遗传改良、生产应用以及海南岛益智种质资源的保护和合理利用提供参考依据,同时补充了益智研究的部分空白。具体结论如下：1.益智各部位具有较为丰富的形态多样性,它的花、果实、叶片都存在着一定程度的变异,以花部性状的变异最小：果序的长度、单果大小、单果形态变异较大,且与产量密切相关,可以作为鉴别益智种质资源及杂交育种后代的选择上主要的性状。益智的农艺性状变异程度较形态性状的变异程度大得多,农艺性状变异越大,其在益智育种上的利用前景越好。2.相关分析结果表明,林下阴蔽程度对于益智的生长影响是较大的；花的各部位彼此之间多数呈显著正相关,果序长与唇瓣长呈显著正相关,萼筒、中裂片与果的大小呈显著正相关,叶长与小花宽呈显著正相关,叶宽与杆直径、萼筒、唇瓣宽呈显著正相关。主成分分析的结果表明前7个主成分积累贡献率达到89.29%,基本可以包含14个性状所含有的信息。根据其贡献率的大小可以将之归为单果体积因子、产量因子、单果形态因子、营养器官因子这4个因子。聚类分析的结果将72份种质材料分成9个组,聚类的结果将单果分为大果、中果、小果,产量分为较高、中等、较低3个级别。3.益智种质资源ISSR分析结果表明,20个ISSR引物共扩增出466条谱带,平均每个引物可获得23.3条谱带,其中多态性条带为446条,多态性比例(PPB)为95.71%,具有较高的多态性。从遗传相似系数来看,68份样品相似系数在0.72-0.86之间,遗传多样性水平不高,并且基本上按照采集地点聚在一起。4.益智种子发芽时间长,萌发不集中。当用NAA等试剂处理过后能明显提高种子的发芽势及发芽率。益智种子不耐高温、不耐贮藏、不耐干燥。在60℃以上温度下完全失去活力。种子置于室内贮藏时间达到40d时,发芽率低于50%；当贮藏至90d时,种子完全失去活力；种子经日晒或者硅胶干燥后,发芽率急剧下降,甚至为0,完全失去活力。