奶牛乳房炎是目前全球奶牛养殖业的重要疾病之一。在奶牛乳房炎的众多致病因素中,微生物感染仍是最主要的发病因。除了常见的革兰氏阳性细菌感染外,真菌感染呈逐日上升趋势。热带念珠菌是一种条件性致病真菌,在人类疾病中研究较多,但对奶牛乳房炎热带念珠菌的研究还鲜有报道。因此本论文对广西地区某奶牛场患奶牛乳房炎的病牛进行真菌分离鉴定,分离得到的热带念珠菌,然后进行基因组框架图测序,对测序结果进行基因组功能分析以及比较基因组分析,并结合致病性试验和药敏试验,对耐药基因和致病性进行分析。结果如下:1、热带念珠菌基因组框架图测序通过对分离得到的热带念珠菌进行测序,得到一条全长14.27Mb的基因组,对该基因序列注释,得到编码基因8164个,非编码RNA200条,总长18290bp,其中t RNA 166条,sn RNA 33条,mi RNA 1条。平均GC含量为32.97%。重复序列3241个,其中长末端重复序列1255个,DNA转座子1262个,长散在重复序列612个,短散在重复序列38个,RC有51个。将测序结果与数据库比对,基因功能注释结果显示,在NR数据库注释结果中,与热带念珠菌相关基因最多有4068个;GO数据库注释到3921个基因,参与到生物过程、细胞成分和分子功能中。CAZy注释得到碳水化合物酶125个;KEGG数据库注释到4673个基因,分为六大功能途径,代谢相关通路11条,其中参与抗药性途径的基因有36个;KOG数据库注释到2276个基因,涉及25种功能。另外,预测到分泌蛋白197个;细胞色素P450蛋白14个,9个属于热带念珠菌。与PHI数据库比对,发现基因cyp51发生耐化学性突变,基因VTC4发生毒力增强突变。2、热带念珠菌的比较基因组学分析将本试验分离得到的热带念珠菌菌株与NCBI基因库中已知参考序列进行全基因组共线性比对分析,结果发现样本菌株与参考菌株之间存在大量的易位区域,说明两个基因组存在一定的结构差异。SNP和In Del分析,两个基因组之间存在SNP位点30683个,位于基因编码区的In Del突变有6644个,其中小片段的插入有3166个,缺失有3478个。与参考菌株对比,样本菌株特有基因有2576个。热带念珠菌耐药相关基因CDR1、CDR2、CDR3、CDR4和ABC蛋白家族的编码基因区域都有SNP非同义突变和In Del非同义突变,这些非同义突变可以改变氨基酸的种类,可能对耐药蛋白表达量产生影响。3、热带念珠菌的致病性和药敏试验通过对小鼠腹腔注射热带念珠菌悬菌液来进行致病性试验,结果显示热带念珠菌能够对小鼠的内脏器官造成损伤,导致小鼠腹腔内出现不同程度的青色,内脏器官表面有白色坏死灶,肺脏出血,脾脏和胸腺在肿大。病理切片观察,肝细胞内有明显的空泡变性,细胞之间界限模糊,肝窦狭窄;肺泡隔增厚,肺小静脉和肺泡隔毛细血管扩张,并充满大量红细胞;胸腺的髓质和皮质界限模糊,并且有大量红细胞。肾小管结构紊乱,毛细血管弥散性充血。通过药敏纸片扩散法和常量药物梯度检测样本菌株对药物的敏感性。药敏纸片扩散法结果显示,样本菌株对制霉菌素、酮康唑高度敏感,对两性霉素B中度敏感,对伊曲康唑、庆大霉素、青霉素以及环丙沙星不敏感。而样本菌株对酮康唑的梯度变化很敏感,对氟康唑、伊曲康唑和两性霉素B的浓度梯度变化不敏感。结论:广西地区奶牛存在热带念珠菌感染的情况,且分离菌株具有致病性,对伊曲康唑和氟康唑耐药。经过功能注释与参考基因组比对,本试验分离出的热带念珠菌的耐药基因存在突变,且有进化的可能。