我国资本市场成立十多年,取得了一系列的成绩。它推动了国有企业的改革,促进它们建立完善的现代企业制度,推行现代化的管理方法,增强了国有企业的竞争力; 促进了民营经济的发展,调整了我国所有制结构,完善了社会主义市场经济体系,为我国经济发展发挥了重要的作用。但它也存在着重要的缺陷,即非流通股的存在。本文首先简要回顾了我国证券市场的形成历史以及在特定的条件下,非流通股形成的历史原因,从中小投资者利益保护问题的角度,分析了非流通股流通的意义及必要性和可行性。其次,本文结合上司公司治理现状,以及我国证券市场出现的诸多侵占中小投资者利益的行为,指出加强对中小投资者的利益保护、完善我国上市公司的治理结构,健全我国证券市场,必须对目前的股权结构加以改革。通过分析各种股权改革方案,如非流通股挂牌交易、大股东以股抵债及股权分置改革等,发现在非流通股转让的过程中,上市公司控股股东从自利角度出发,利用其地位上的优势侵害中小投资者的利益。最后,本文分析了各方案对中小投资者利益的影响,综合提出了在股权改革中需从建立中小投资者利益保护机制、加强和完善证券法律保障制度、优化上市公司治理结构、转变投资者理念、加强对股改公司的监管、建立中小投资者在改革方案中主张权利的机制等各个方面加以保护中小投资者的利益。