农村合作金融机构是金融业支持县域经济发展的主力军,然而在其改制的浪潮中,部分农村合作金融机构仍然未能全面转变思路意识和经营发展模式,各类风险积聚,参与银行业市场乱象,违规经营情节较为严重,归根结底是其法人治理机制和内部控制机制不健全所致。本文以衡州农村商业银行为目标企业,以博弈论、系统论、控制论和组织行为学理论作为理论基础,以实证分析法、定性分析法、文献研究法为研究方法,对其内部控制体系进行系统性的剖析。发现该行存在组织结构不完善、制度框架不健全、企业文化落后、内控风险信息的识别和沟通不到位、内控监督与纠正机制作用不明显等问题。根据该行实际情况,按照合规性、审慎性、全面性、相互制约和独立性原则,本文提出了完善组织结构、健全制度框架、培育企业文化、优化信息沟通、强化监督纠正等五个子体系。为了确保其内部控制系统改进后的顺利实施,本文还从组织、人力资源、制度、物质经费、技术等方面提出了保障措施。本研究对衡州农村商业银行加强和完善内部控制、全面提升管理水平具有参考价值,并对我国农村中小金融机构的内部控制体系的研究和实践具有借鉴意义。