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该研究从湖北省农科院试验田和中国农科院植保所温室的3个水稻品种(转Xa21基因水稻,皖A,籼优63)随机排列小区的水稻根际分离所得到的细菌为材料,以香农指数(Shannon index)为群落多样性指标,对3个不同的细菌群落多样性进行了比较和显著差异性检验.结果表明,田间和温室3个不同处理根际细菌群落结构和种群数目除在某个取样时期有显著性差异外总体上无显著性差异.温室和田间3个处理之间的细菌数目均随季节的变化而变化,即作物的生长发育及衰老的过程中,微生物种群有着相似的变化,根际细菌随着外界气候的变化而呈现适应性变化,TR(转基因水稻)对根际细菌群落结构影响远远小于季节、气候、地区的影响.对水稻不同生育时期根际优势细菌内转录间隔区序列(intergenic transcribespacer region,即ITS,是指16S rRNA和23S rRNA之间的区域)基因的克隆,序列测定.并利用分子生物学软件Vecter 9.0在RISSC数据库已经收集的2614个细菌的ITS,进行了分析比对得出结论.几个重要的属间的细菌的ITS序列长度有明显差异,分别是Flexibacter flexilis 745bp,Bacillus sp377bp,Bacillus sp 329bp,Tropherymasp 574bp,Bacillus sp 377bp,Xanthomonas campestris 647bp,Bacillus sp 31 9bp,Bacillus sp 352bp,Escherichia coli 495bp,根据已经报道的序列,将分离所得的9个优势细菌鉴定到5个不同的属,分别属于Bacillus sp,Flexibacter flexilis,Xanthomonascampestris,Escherichia coli,Tropheryma sp,从而得出各个属细菌的动态变化.利用ITS的方法,可以快速的鉴定细菌.中国作为水稻起源中心,保护中国水稻遗传资源、生物多样性,转基因水稻的安全性,特别是生态安全性显得尤其重要,所以研究转种植Xa21基因水稻的生态安全性对促进中国转基因水稻的商品化有着很重要的意义.