水稻AGO基因家族的生物信息学分析

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Argonautes(AGOs)是生物有机体中普遍存在的一类比较保守的蛋白,并且在不同物种的RNAi及相关的途径中具有十分重要的功能,也调控模式植物拟南芥的生长发育过程。水稻作为单子叶模式植物和重要的粮食作物,其基因组中AGO家族的基因数量和表达模式与拟南芥有所不同。目前为止对水稻中AGO的研究相对较少。在本研究中,我们以分析OsAGOs表达模式和共表达网络为重点,对水稻AGO家族进行系统的生物信息学分析。主要研究结果如下:   1、水稻中共有19个AGO基因,大部分OsAGO基因和蛋白质具有相似理化性质。19个AGO基因集中分布在第1、2、3、4、6、7染色体上。   2、OsAGO基因家族有3对串联复制基因和4对大片段复制基因。复制基因的表达模式有三种情况,即相似的表达情况、互补的表达情况和一个基因在所有组织中均表达而另一个基因在几乎所有组织中均不表达或者表达量很低。   3、大多数OsAGO基因在生殖生长阶段呈现特异表达或者优先表达,尤其在稻穗中的表达水平明显上调。6个OsAGO基因在经过GA3,KT,NAA的处理后表现出表达水平上调或者下调。3个OsAGO基因对光照或者暗处理有响应。   4、10个OsAGO基因与DCL(Dicer-like)、RDR(RNA-dependentRNApolymerase)、DRB(Double-strandedRNABinding)等基因共表达,它们可能参与包括RNAi在内的一些RNA调控的相关途径。OsAGOs基因与17类编码转录因子的基因共表达,表明它们可能与这些转录因子共同参与成花转变、对激素的响应等各种不同功能。另外,OsAGO基因还与花粉发育相关基因、花药发育相关基因等存在共表达的关系,且OsAGO基因家族成员之间也存在共表达的关系。   5、OsAGO14基因的T-DNA插入突变体的稻穗明显缩短且种子数量减少、种子中出现双胚或者多颖壳的现象。   以上的分析结果均为解析水稻OsAGOs的功能及进一步阐述RNA干涉的分子机制提供新的线索和证据。
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