随着人类基因组全序列测定的顺利完成,生命科学研究开始进入后基因组时代,系统、全面、动态地了解蛋白质的表达及其功能成为最重要的研究任务之一。在复杂的生命体系中,蛋白酶是蛋白质水解的主要参与者,能调节蛋白质的表达、活性及作用位点。因此,建立肿瘤细胞内蛋白酶为主的蛋白质组学,并寻找到相应的肿瘤标志物尤为重要。本课题以基于蛋白酶活性的小分子探针（ABP）为检测工具,标记宫颈癌细胞内识别丰度较低的并具有活性的蛋白酶,利用多功能标签基团将靶标蛋白分离,富集纯化并进行鉴定。本论文包括以下三方面的内容:（1）根据文献设计了13种P1位点连接不同氨基酸种类,以醌甲基为母体,含有正交基团的ABP探针。利用有机合成的方式,改进分离纯化方法,成功获得高纯度的探针,同时完成了对该系列探针及其中间体~1H谱,13C谱,LC-Mass的结构表征。（2）利用上述化学合成的13种ABP探针标记9种纯酶。首先,优化了探针与纯酶的标记条件,其次,分别利用13种探针对9种来自不同蛋白酶家族的纯酶进行了标记识别检测。通过分析荧光信号的强弱,初步验证了该探针对蛋白酶的标记是具有选择性和灵敏性,为探针靶标细胞内蛋白酶的研究奠定了基础。（3）首先优化了探针与Hela细胞内蛋白酶的标记条件。其次,利用13种探针进一步验证其对HeLa细胞内活性蛋白酶的标记能力,发现探针QMAc-M,QMAc-K,QMAc-L的标记能力较强,继而利用亲和素链霉素磁珠富集靶标蛋白,鉴定并分析了质谱结构。最后,通过细胞成像,验证了这一系列探针的细胞通透能力,为探针在活细胞内的应用提供了可行性方案。综上所述,本课题设计合成13种不同P1识别基团的ABP探针,验证了其对蛋白酶的标记具有较高选择性和灵敏性,并且对细胞破碎液的活性蛋白酶进行了标记、富集及鉴定。为建立肿瘤细胞内完整的蛋白酶表达谱信息分析系统奠定了基础。