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微生物群落结构是其整体功能的基础，一直是微生物生态学研究的重点问题。深海是一个永久低温（热液口除外）、高压、黑暗的极端生态环境，是极端环境微生物的理想来源。南太平洋环流区（South Pacific Gyre, SPG）位于赤道以南、南美洲与澳大利亚之间，是世界上面积最大的环流区。研究表明，这片海域的有机物沉降速率、细胞丰度及微生物代谢活性均低于以往研究过的深海沉积物，南太平洋环流区的沉积物微生物群落结构以好氧菌为主。迄今为止，对这一海域的海底生态系统研究甚少，本研究通过综合大洋钻探计划(IODP，IntergratedOcean Drilling Program)329航次获得南太平洋环流区7个站点的深海沉积物和底层海水样品，对分离纯化的细菌菌株进行了16S rDNA测序鉴定，并分析了其可培养细菌的多样性，对深海沉积物中的部分菌株进行了淀粉酶、明胶酶、酯酶(Tween20、Tween40、Tween80)、纤维素酶等6种酶的活性检测。另外，本文还对2株海洋新菌进行了分类鉴定。从南太平洋环流区7个站点的深海沉积物中共分离出229株细菌，这些菌株属于5个门，50个属，95个种。其中放线菌门（Actinobacteria）有106株，在数量和种类方面均占主导地位；厚壁菌门（Firmicutes）60株，α-变形菌纲（α-Proteobacteria）16株，β-变形菌纲（β-Proteobacteria）4株，γ-变形菌纲（γ-Proteobacteria）39株，拟杆菌门（Bacteroidetes）3株，酵母菌（Yeast）1株；革兰氏阳性菌即放线菌和厚壁菌共占总菌株数的70%。优势属包括微球菌属(Micrococcus，放线菌门)、芽孢杆菌属(Bacillus，厚壁菌门)和微杆菌属(Microbacterium，放线菌门)等8个属；优势种包括云南微球菌(Micrococcusyunnanensis)、南极微球菌(Micrococcus antarcticus)和科氏葡萄球菌(Staphylococcus cohnii)等18个。另外有10株细菌可能为海洋细菌新属或新种。对部分菌株的6种胞外酶活性检测结果显示，许多菌株都具有胞外酶活性，而且在4C的低温下，仍然有许多菌株具有较强的酶活性，其中具有明胶酶和淀粉酶活性的菌株最多。从南太平洋环流区7个站点的底层水中共分离出176株深海细菌，这些菌株属于5个门，31个属，79个种。其中γ-变形菌纲（γ-Proteobacteria）有143株，在数量和种类方面均占主导地位；α-变形菌纲（α-Proteobacteria）7株，β-变形菌纲（β-Proteobacteria）2株，厚壁菌门（Firmicutes）11株，放线菌门（Actinobacteria）6株，拟杆菌门（Bacteroidetes）5株，酵母菌（Yeast）2株。优势属包括假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas）、交替单胞菌属（Alteromonas）、弧菌属（Vibrio）和盐单胞菌属（Halomonas）等10个属；优势种包括居珊瑚假交替单胞杆菌（Pseudoalteromonas paragorgicola）、子午盐单胞菌（Halomonas meridiana）和坎氏弧菌（Vibrio campbellii）等12个种。另外有9株细菌可能为海洋细菌新属或新种。从浒苔(Enteromorpha prolifera)暴发时期青岛近海海水中，分离得到两株好氧革兰氏阴性细菌，编号为ZXM100T与ZXM098。细胞呈卵圆形至不规则短杆形，无鞭毛，有聚羟基丁酸酯(PHB)累积，不含菌绿素a。可以生长的NaCl浓度范围为3-9%（w/v），温度范围为22-28oC。主要的脂肪酸种类为C18:1ω7c、C18:0和C16:0。ZXM100T含有的极性脂种类为磷脂酰甘油(PG)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰胆碱(PC)、磷脂(L)和一种无法确认的胺脂质(AL)，主要的呼吸醌为Q-10。16S rDNA相似性分析结果显示，菌株ZXM100T和ZXM098属于红杆菌科(Rhodobacteraceae)。通过本研究结果分析，菌株ZXM100T和ZXM098鉴定为红杆菌科的一个新属新种，将其命名为浒苔缓生菌(Lentibacter algarum)。该种的标准株为ZXM100T(=LMG24861T=CGMCC1.10234T)。标准株的DNA G+C含量为54.6mol%。从黄海近海文昌鱼繁殖区海水中，分离得到一株革兰氏阴性细菌，编号为H50T，氧化酶和过氧化氢酶反应检测为阳性。细胞呈卵圆形，无鞭毛，含菌绿素a，有聚羟基丁酸酯累积。可以生长的温度范围为0-37oC。主要的脂肪酸种类为C18:1ω7c和C16:0，主要的呼吸醌为Q-10。H50T含有的极性脂种类为双磷脂酰甘油(DiPG)、磷脂酰甘油(PG)和一种无法确认的磷脂(L)。DNA G+C含量为57.7mol%。16S rDNA序列比对分析结果显示， H50T与红杆菌科中的海滨海洋居住菌(Pelagicola litoralis) DSM18290T(96.2%)、粘液玫瑰变色菌(Roseovarius mucosus)DSM17069T(95.8%)、嗜压玫瑰变色菌(Roseovarius tolerans) DSM11457T(95.7%)最接近。由系统进化树可以明确看出，H50T明显属于玫瑰变色菌属(Roseovarius)，而不是海洋居住菌属(Pelagicola)。通过本研究结果分析，菌株H50T鉴定为红杆菌科玫瑰变色菌属的一个新种，将其命名为卵形玫瑰变色菌（Roseovarius ovatus），该种的标准株为H50T(=CGMCC1.10799T=JCM17553T)。