本文报道了珊瑚藻（Corallina officinalis）藻红蛋白的全基因序列，首次报道了α和β亚基cDNA序列。根据藻红蛋白保守序列设计引物，扩增获得藻红蛋白（Phycoerythrin,PE）α和β亚基的DNA序列（AF510986）。序列长为1，140个碱基，包括β亚基起始密码子上游的10个碱基，β亚基编码区的534个碱基（编码177个氨基酸），101个碱基的间隔区以及α亚基编码区近5’端的495个碱基（编码164个氨基酸）。在此基础上，采用RACE方法扩增获得α和β亚基的全长cDNA序列2257个碱基（AF542554）。cDNA序列排布顺序为5’UTR—rpeB—间隔区—rpeA—3’UTR，序列包括起始密码子上游493 bp的5’非编码区，β亚基编码区534bp（编码177个氨基酸），基因间隔区101bp，α亚基编码区495 bp（编码164个氨基酸）以及终止密码子下游长为634 bp的3’非编码区，其中包含30个腺苷酸的poly（A），首次通过实验证明了rpeA和rpeB确实是以多顺反子共转录的。 同时，测定了藻红蛋白γ亚基N-端的部分氨基酸序列为：S／A（G）-G-F-D-A-A-S-V-E-Y-P／A-N-A-P-S-F-A-G-K-Y（P83592）。基于N端序列设计简并引物，结合RACE方法扩增得到γ亚基的cDNA序列全长为2308个碱基（AY209894）。其中起始密码子上游5’非编码区为1203bp，编码区960bp（编码320个氨基酸），终止密码子下游有一个长145bp的3’非编码区，其中包括26个腺苷酸的poly（A）。推导的氨基酸序列与我们通过蛋白质测序得到的N端部分序列完全一致。从γ亚基不同克隆子的测序结果，我们发现γ亚基存在不同的3’末端，表明γ亚基可能存在不同的拷贝形式。目前，有关γ亚基序列报道也仅见于Agluothumnion neglectum的两个序列(γ³¹和γ³³)，对γ亚基作进一步比较研究还有一定困难。此外，扩增获得γ亚基DNA序列，表明序列内部没有内含子存在。 最后，结合多种软件对以上序列进行生物信息学分析，对序列结构、特征、功能以及各亚基核酸和氨基酸的同源性等与已知真核红藻的基因序列作了比较分析。