我国是世界上稻作面积最大的国家，水稻单产和总产一直位居世界首位。同时我国具备世界上最先进的杂交水稻制种技术，每年有大量的杂交水稻良种从我国输往世界各地。据估计，未来十年至十五年，全球杂交水稻种植面积将达一亿公顷，每年约需杂交水稻种子一百五十万吨至二百万吨，约有一百二十亿至一百六十亿美元的市场空间。但是，近年来我国连续出现多宗杂交水稻种子搀假的大案，致使种植后减产、甚至颗粒无收，不仅给农业生产造成巨大损失，而且严重的损害了我国的国际贸易形象。因此，出境杂交水稻种子的质量检验这一工作变得愈发重要。 在杂交水稻种子的检验工作中，我们一般都是沿用传统的种子形态法、苯酚染色法、幼苗鉴定、田间小区种植等方法。但是应用此类方法耗时长、效率低，而且经验性强，不适合快速检验。近几年，PCR技术在检疫检测领域得到了广泛应用，人们采用DNA指纹分析等技术大大提高了检测速度和检验效率，但是判断PCR反应是否成功需要进行电泳、染色、紫外透射观察等一系列后续处理。操作繁琐且需接触致癌物质，也容易造成实验室的PCR产物污染，另外电泳检验只能判断扩增片段分子量的大小，而无法得到扩增核酸序列的特异性信息。为此，建立一种快速、准确的检测杂交水稻种子真伪及纯度的方法迫在眉睫。 实时荧光PCR技术是近年来兴起的一项高准确度、高灵敏度的新型检测技术，现已广泛用于细菌、真菌、病毒、线虫、转基因产品检测等诸多领域。本研究基于植物雄性不育的核质互换理论，对已报道的雄性不育特异片段R_2-630WA进行PCR验证，发现其可以作为鉴定杂交水稻不育胞质的分子标记。据此片段设计的TaqMan探针及特异性引物对17个水稻样品进行实时荧光PCR检测，结果表明：此探针可以特异扩增三系杂交稻F1及不育系，并可初步用于三系杂交稻的纯度检测，由此建立了一套准确、快速的三系杂交稻鉴定体系，也为进出口质量检验部门提供了可靠的技术支持和科学保障。