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黄秦艽(Veratrilla baillonii Franch)又名金不换,是龙胆科(Gentianaceae)黄秦艽属(Veratrilla)植物,主要分布在中国喜马拉雅山脉东部和横断山地区3600m以上的高海拔地区,这种分布类型为研究东喜马拉雅地区空中岛屿植物的遗传分化提供了一个理想的材料。此外,黄秦艽是一种重要的中药材,在一些地区的采集非常严重,而了解这一物种的遗传多样性和遗传结构将为其保护提供理论依据。近年来,对黄秦艽的研究主要集中在生物学特性、药用价值及有效成分鉴定等方向,在分子水平上的研究相对较少。本文通过转录组测序技术开发了黄秦艽具有多态性的EST-SSR分子标记,以此为基础开展黄秦艽18个种群的遗传多样研究。主要研究结果如下:将测序原始序列数据过滤、拼接,获得133,019条contigs,平均长度为1263 bp,N50为2104 bp。SSR位点搜寻,获得40,885个SSR位点,设计合成了115对EST-SSR引物,74对引物能成功扩增出PCR产物,其中14对引物具有多态性。从中选了11对引物(HQJ19、HQJ34、HQJ37、HQJ40、HQJ45、HQJ56、HQJ63、HQJ79、HQJ99、HQJ103、HQJ115)用于黄秦艽18个种群273个样本的种群遗传多样性研究。11对SSR引物检测出131个等位基因,等位基因数(Na)的范围为6至24,平均值为11.9;有效等位基因数(Ne)介于1.313至3.053之间,平均值为2.066;观察杂合度(Ho)变化的范围为0.143至0.849,平均值为0.374;期望杂合度(He)的变化范围为0.182至0.614,平均值为0.397。种群水平上,平均每个种群有3.202个等位基因和2.066个有效等位基因,种群Ho平均值为0.374,He平均值为0.397,四川九龙(JL)具有最高的遗传多样性(Na=4.723、Ne=2.406、H_O=0.437、H_E=0.500和PPB=100%),四川理县(LX)遗传多样性最低(Na=1.818、Ne=1.468、H_O=0.209、H_E=0.231和PPB=54.55%)。遗传分化值(Fst)平均值为0.238,基因流(Nm)=0.404。分子方差分析表明有41.11%的遗传变异存在种群之间,58.89%的遗传变异存在于种群内。STRUCTURE和UPGMA聚类结果表明地理距离相近的种群并没有完全聚在一起,这与遗传距离与地理距离无显著相关的结果一致(r=0.197,p=0.106>0.05)。研究结果表明,黄秦艽种群经历了遗传漂变或者瓶颈效应,导致该物种遗传多样性不高。作为高海拔空中岛屿分布的物种,各种群的遗传分化较大,遗传变异主要存在于种群内,这可能与黄秦艽为异交的繁育系统有关。