在后基因组时代，由于生物信息学的快速发展，生物信息数据呈指数级增长，生物信息数据库系统中的数据日益庞大，这为某一专业领域的研究提供了更多的研究数据，但在浩瀚如海的数据库中查找并筛选与研究领域相关的数据会耗费研究者大量的时间与精力。因此，根据自己的研究需求与特点建立自己的生物信息系统成为每个研究领域的重要课题，以便实现对数据的有效管理和分析。森林资源信息化管理可以有效提高森林可持续经营与经济生态效益，随着现代科技的快速发展，林业资源日趋减少，为了实现林业资源经营的可持续发展，需要对森林资源进行科学有效的管理。森林的生物信息资源的管理是森林资源信息化管理的重要方面，将宏观与微观相结合，形成一个由内到外、标本兼管的森林资源信息化管理系统。　　本研究就此问题设计并建立了林木生物信息系统（以毛果杨蛋白质序列为例），用于系统地整合并存储各数据库（如PIR、SwissProt、TrEMBL、NCBI等）中林木蛋白质序列及序列信息以及实验中得到的杨树蛋白质信息以及对数据进行简单的处理。本系统使用的MySQL是当下最热门的、开源的且具有较好的灵活性及可扩展性的数据库关系型数据库，而且其简单易学且使用成本低。搭建平台服务器主要使用了框架——Spring MVC、Ibatis:Spring是一个十分优秀的轻量级的DI和AOP容器框架，可以很好的集成支持当前主流框架，如Struts2、Hibernate等，并且可以提供众多服务，如事务管理、WS等，使用Spring的IOC容器可将对象之间的依赖关系交给Spring，降低组件之间的耦合性，而DI机制则可以降低对象替换的复杂性;Ibatis是一个十分优秀的持久层框架，是一个半自动化的ORM实现，具有很大的灵活性，易于学习使用，通过文档和源代码，可以较完全的掌握它的设计思路和实现。客户端则使用了当前主流的CSS+DIV的布局方式，将表现和内容分离，提高页面浏览速度，使用Jquery等前端框架，能更方便地处理HTML documents、events、实现动画效果，并且方便地为网站提供AJAX交互。　　系统设计全文检索，帮助研究人员方便快捷的检索所需数据。同时，本数据库平台实现了上传功能，可以方便研究人员上传自己研究得到的数据，实现数据共享。另外提供一些有用的分析功能来方便研究者分析蛋白质序列，如通过本地BLAST搜索本地数据库中的同源蛋白质序列，利用蛋白质理化性质分析蛋白质氨基酸组成、亲疏水性、等电点等，支持用户对蛋白质序列进行编码:简单编码和Ⅴ型编码，系统还提供蛋白质序列二级结构的预测功能。