据统计，2012年3月份，我国生产冷冻水产品57.86万吨，同比增长32.81%。但伴随着农产品产量增加的同时，也出现了很多水产品质量安全问题，因此对水产品的安全风险控制极其重要。供应链风险的存在不可避免，不能彻底消除风险，但能采取一定的方式降低风险。目前对于供应链风险的研究国内外已经有很多，主要包括风险评估、平台搭建、风险优化等等。本文的水产品因其具有冷链性质，在供应链物流各环节的风险控制要求更为严格，然而对于风险的控制是需要企业投入大量资金的，从投入产出的角度考虑，对于供应链上哪些风险进行控制值得企业深入考察。首先，本文根据目前国内外对于供应链风险的研究现状进行分析，依据企业A的现实情况，对水产品供应链（以罗非鱼为例）的养殖、生产加工、运输以及仓储环节进行分析，找出企业A所面临的每个环节存在的风险。接着，对比常用的供应链风险评价方法，选择AHP-OWA算子作为本文的风险评价方法，并对AHP-OWA算子的风险评估模型做了定量计算，筛选出企业所面临的主要的风险指标；应用目前广泛应用于经济投资的CVaR构建风险组合优化控制模型；采用改进的遗传算法作为模型求解算法。最后，在企业A的实例基础上，应用Matlab软件对CVaR模型进行求解，最终得出企业A进行风险控制的最优组合，达到了最小风险损失的目的。本文最后得到在三种置信水平下的最优解，使得损失值为（0.0011,0.0003,0），在三种置信水平下投入风险资金控制最大的都是x3（养殖环节的温度控制风险），说明风险控制需要从源头做起，对于保证冷链温度的控制非常重要。有效地将目前广泛应用于经济行业的风险测量工具CVaR应用于物流行业的风险组合优化，拓展了CVaR的应用范围，同时为物流风险优化提出了一种新的方法，从投入产出角度，为企业在降低风险的同时尽可能地为企业节约风险控制成本。