根据2012年修改的《中华人民共和国刑事讼诉法》第171条第4款规定：“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当做出不起诉的决定。”这种由人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自己侦查终结的案件审查并进行两次补充侦查仍然认为证据不足，不符合起诉条件，从而做出不将犯罪嫌疑人诉交人民法院审判的一种处理决定，即存疑不起诉，也被称作证据不足不起诉。2012年《刑事讼诉法》第171条第4款的规定，可以说弥补了1996年《刑事诉讼法》第140条第4款规定的不足，是立法上的进步，对于充分发挥存疑不起诉制度的作用以及贯彻疑罪从无原则具有积极意义。但同时也应看到，我国存疑不起诉在适用程序、证据条件等方面存在一些不完善之处。本文以我国存疑不起诉制度为主线，分为三章进行论述。第一章说明了存疑不起诉制度的含义、价值，介绍了大陆法系国家、英美法系国家的存疑不起诉制度或类似制度。第二章将1996年存疑不起诉的规定同2012年修改后的《刑事诉讼法》的规定作对比，以新修改的规定为切入点，研究了我国存疑不起诉制度完善的意义，并探讨了我国存疑不起诉制度在适用程序、证据条件、使用率低等方面存在的问题及其原因。第三章针对上一章谈到的问题，笔者提出了进一步完善我国存疑不起诉制度的几点设想：一是建立适用不起诉的听证程序，二是制定完备的、操作性强的证据作用规则，三是进一步完善对存疑不起诉决定的制约机制，四是逐步完善检察院内部的考核机制。