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背景与目的:克罗恩病(Crohn’s disease,CD)是一种肠道慢性非特异性炎性疾病,属于炎症性肠病范畴。近年来,肠道微生态成为治疗的新靶点。越来越多的证据表明,粪菌移植(Fecal microbiota transplantation,FMT)已经成为CD一种有前景的治疗选择。CD的疾病特征是临床缓解和复发交替出现,多次FMT治疗有利于维持患者长期临床缓解。但是,FMT治疗CD的有效频率目前仍不明确。本研究旨在评估使用第二次FMT维持活动期CD患者长期临床缓解的最佳时机。方法:本研究为随机、开放、单中心临床研究,纳入18~70周岁至少接受过两次FMT治疗的活动期CD患者。患者签署知情同意书后,收集病史、人口学资料、体格检查、实验室检查等相关数据。经入选标准和排除标准筛选合格的受试者将接受长期随访,分别于FMT治疗前、治疗后第3天、第7天以及之后的每3个月的监测点对患者进行随访评估,同步对比患者在不同时间点的临床缓解率、临床有效率及安全性。使用16S rRNA基因测序技术分析9名患者及其各自供体的肠道菌群组成。使用核磁共振氢谱(nuclear magnetic resonance,NMR)分析FMT对尿液代谢谱的影响。结果:1.共有69例患者纳入本研究。55.1%(38/69)的患者为中度CD,44.9%(31/69)的患者为重度CD。患者平均病程为7.03±5.48年。2.第一次FMT疗效的有效维持时间(中位数)为125天(四分位间距,82.5-225.5)。第二次FMT治疗后,81.2%(56/69)的患者完成了临床随访,维持第二次FMT临床反应的时间为176.5天(四分位间距,98.5-280)。以125天为临界值,发现第二次FMT后64.3%(36/56)的CD患者临床反应维持时间超过125天,是第一次FMT治疗后的1.27倍。3.菌群分析发现,与第一次FMT治疗前相比,每个患者在第一次FMT治疗后三天肠道菌群的组成接近其供体。即使在第二次FMT治疗前的时间点,每个患者的肠道菌群组成仍然接近其供体。4.FMT治疗后患者尿液代谢谱发生显著改变。与FMT治疗前相比,硫酸吲哚酚,4-羟基苯乙酸,肌酸酐,二甲胺,甘氨酰脯氨酸,马尿酸盐和三甲胺氧化物(trimethylamine oxide,TMAO)等7种代谢物在FMT治疗后显著升高。结论:本研究表明,多次FMT治疗有助于维持CD患者的长期临床反应,FMT的治疗频率应在4个月左右。FMT可改变活动期CD患者的肠道菌群组成并诱导CD患者尿液中代谢产物的显著改变。16s rRNA基因组学和~1H-NMR代谢组学的结果提示联合运用多组学工具可能有助于阐明FMT的治病机制。