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水稻直播生产是一项节省劳动力资源的低成本栽培技术。直播稻出苗率是限制直播技术推广的重要因素,提高品种的直播适应性是解决出苗率问题的关键。在直播生产中,淹水缺氧是影响水稻成苗的关键环境因素。研究水稻耐淹发芽的遗传机理,对于选育耐淹品种具有重要意义。本研究以432份籼稻品种构建自然群体,通过关联分析的方法进行水稻耐淹发芽性状的遗传研究,主要结果如下:1.以淹水胚芽鞘长度为指标评价水稻耐淹发芽特性,在籼稻自然群体中检测到丰富的表型变异,少数品种对氧胁迫极度敏感表现为在淹水条件下发芽困难。通过计算表明该性状的广义遗传率为70%,方差分析显示水稻耐淹发芽性状受环境影响较大。2.通过主成分分析(PCA,principal component analysis)评价了研究群体的遗传结构,结果证实群体结构对关联分析有显著影响。在前10个主成分的矫正作用下,关联分析的假阳性问题得到了较好的解决。本实验群体品种间的亲缘关系较小,亲缘相关系数大于0.5的个体所占比例仅为2.5%。3.利用3971个SNP分子标记对籼稻群体耐淹发芽性状进行关联分析,以P=0.001为筛选阈值,在GLM模型下共关联到1359个SNP位点,在PCA、PCA+K模型下则分别关联到54和9个显著性位点,其中两个SNP位点(seq-rs2701和seq-rs3087)在三种模型下都被关联到。对PCA+K模型下所关联到的9个SNP的等位基因效应进行计算,并通过t测验检测显著性,发现seq-rs2701、seq-rs3087和seq-rs3121携带强优势等位基因,其余位点携带弱优势等位基因。聚合效应分析表明,品种耐淹性随携带优势等位基因数量的增加而增加。这些优势等位基因可直接用于分子标记辅助选择育种。4.利用已报道的表达谱芯片数据和荧光定量PCR进行候选基因分析,在显著性SNP侧翼区间检测到两个基因(LOC_Os08g39290和LOC_Os06g03250)既受到缺氧诱导表达,又在耐淹品种中高表达;候选基因测序分析表明,LOC_Os06g03250第一个外显子的单碱基变异导致编码氨基酸改变,可能与水稻耐淹发芽相关。