非编码RNA(缩写为ncRNA)在许多细胞过程中都发挥了重要的作用。因此，描述非编码RNA启动子的转录活性对于理解非编码RNA的复杂细胞功能是非常必要的。这里，作者展示了一种用于研究线虫非编码RNA上游序列模体1-3(UMl-3)的体内转录方式的分析方法。作者验证了这三个序列模体都具有转录活性，并且确定了它们的转录起始和转录终止位点，以及在它们的上游是否存在其他调控元件。通过突变分析方法发现，每个序列模体中的不同部分对于转录的贡献是不同的。作者的实验结果显示，上游序列模体1(UM1)是可以启动绿色荧光蛋白的表达的，并且这一结果可以应用于更详尽的分析相应的非编码RNA的不同时间和空间表达模式。作者还发现，在具有UM1型启动子的非编码RNA CeN7的上游序列中，存在一个激活子。UM2和UM3不能启动绿色荧光蛋白的表达，并且终止于一段连续的胸腺嘧啶，这预示着它们是由RNA聚合酶三转录的。UM2在序列上与tRNA的启动子有相似性，并且会同相应的非编码RNA一起被转录出来，但很快会被降解掉。这种转录模式在少数植物和酵母中也被发现过，可能预示了一种在进化上非常古老的双重顺式转录模式，即tRNA作为下游snoRNA的启动子并同snoRNA一同转录。