本实验首先根据公开发表的Sox9基因HMG保守盒区序列资料，设计了一对兼并性很高的引物，采用不规则跳跃降落PCR法对鲤鱼的基因组DNA进行了扩增，发现至少存在三种形式的Sox9基因。三者在保守盒区编码的氨基酸序列同源性非常高，并存在一个内含子，但是内含子序列差异很大，分别为704bp、616bp和176bp。同时，设计特异引物对鲤鱼脑组织中三种形式的Sox9基因进行了RT-PCR扩增，证实了三者内含子的剪接位点。在这些研究的基础之上采用RACE技术分别克隆了鲤鱼Sox9b基因的5′端和3′端，通过拼接获得了全长cDNA序列。包括poly(A)在内Sox9b基因的cDNA全长2447bp，其中5′端非翻译区长233bp，3′端非翻译区长927bp，开读框长1287bp，编码428个氨基酸，其中96-174位共79个氨基酸为HMG保守盒。该基因的Genebank注册号为AY956415。将鲤鱼Sox9b基因与三刺鱼等九种动物的氨基酸序列相比较发现，它们的同源性高达75％，这说明Sox9基因在长期进化中相当保守。应用半定量RT-PCR技术对鲤鱼成体不同组织中Sox9b基因的表达进行了分析，结果表明该基因表达广泛，尤以脑及精巢中表达最为丰富。