小麦、水稻、玉米、大豆是我国最主要四大粮食作物,对于我国粮食安全起着至关重要的作用。在全球气候恶化的大背景下,维持四种作物的生产可持续发展,开展这几种作物的耐寒、耐旱、耐盐性等逆境的研究,保障其在恶劣环境下的生产和种植显得尤为重要。目前对四大粮食作物的抗虫、抗病、抗盐、抗旱等方面开展了广泛的研究,蛋白质作为基因的产物,它是各种功能基因发挥其遗传效应的关键,也是决定植物性状的具体物质,因此进行蛋白质水平的研究对于探索作物的抗性机制有重要意义。本论文选用中国农业科学院植物保护研究所小麦抗条锈病基因Yr5近等基因系Taichung29*6/Yr5 (TYr5)和水稻退穗化突变型植株/退穗化野生型植株、大豆长叶柄植株和短叶柄植株以及AA/aa玉米突变株植株几种作物材料,开展了这几种作物蛋白质样品制备及小麦抗条锈病相关蛋白组学的初步研究。对四种作物开展的高效制备植物叶片蛋白样品的方法学研究,建立了比较适合于这几种作物蛋白质组研究的制样方法。结合TripleTOF5600质谱(AB-SCIEX)技术对TYr5抗条锈小麦进行质谱分析,通过质谱定性分析从小麦中发掘了大量可能与抗条绣病相关的多肽信息,为小麦条锈病的防治以及新品种的培育提供了基础。主要结果如下：(1)建立并完善了小麦、水稻、大豆、玉米叶片总蛋白的分离体系,利用1DE电泳技术和蛋白质酶切技术,对四种作物提取蛋白质进行快速的分离鉴定,比较了不同处理前提下不同种类提取缓冲液提取蛋白方法和不同蛋白质酶切方法的差异,对不同缓冲液所提蛋白以及蛋白质酶切的肽段提取效率进行分析论证,以此为植物的蛋白组学研究提供依据。结果表明尿素硫脲提取缓冲液所提取出的小麦、玉米、大豆蛋白条带数量多、稳定性好、提取率高,TCA丙酮处理后进行的酚提法所提取水稻叶片蛋白的纯度更高,杂质更少,电泳谱带清晰。相对于微波辅助酶切法,传统酶切方法多肽回收率更高,蛋白质酶切更彻底。(2)利用基于液相色谱串联TripleTOF5600质谱(AB-SCIEX)的进行定性分析,对小麦抗条锈病基因Yr5近等基因系Taichung29*6/Yr5 (TYr5)进行了蛋白质定性分析,经NCBI blast软件搜库,在两个样品中共同鉴定到46108个肽段片段和9001个蛋白,其中有准确定量信息的蛋白共2254个,含量变化大于2倍的差异蛋白有78个对78个差异表达蛋白进行了Gene Ontology (GO)功能注释和分析,发现他们多数定位于细胞基质和核糖体等细胞器,具备结合、催化等功能,主要参与代谢、细胞过程、应激反应等生物学进程。