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酸粥是一种主要由糜米、大米、小米等制作而成的传统谷类发酵食品,其中微生物成分在其制作过程和品质形成中发挥着重要的作用。为了促进其品质改良和未来的工业化生产,研究其中微生物组成和生物多态性具有重要意义。本研究首次采用PCR-DGGE技术研究内蒙古传统发酵酸粥中微生物多样性。用CTAB-溶菌酶法提取酸粥样品中微生物基因组总DNA,采用带有GC夹子的细菌和真菌通用引物分别扩增微生物16S rDNA V3和26S rDNA D1区,并对样品中相对复杂的细菌用降落PCR程序扩增目的片断。同时为了达到对PCR产物的最佳分离效果,对变性梯度凝胶电泳条件进行了优化,最终确定细菌和真菌的DGGE最佳变性梯度范围分别为35%-55%和30%-55%,最佳上样量为15μL (约为1500ng PCR产物),最佳电泳时间为8h。通过对28个酸粥样品进行DGGE分析,结果显示每个样品都具有丰富的微生物多样性,其中细菌图谱较真菌图谱复杂。在细菌图谱中每个样品都有数量不等的优势条带存在。通过对DGGE图谱中的样品进行聚类分析,结果显示绝大多数的样品地区聚类相似度高,具有一定的地域特征。本研究建立了酸粥样品中乳酸菌初步鉴定的标准模型。通过鉴定梯子初步鉴定出酸粥样品中含有的乳酸菌为Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum, Leuconostoc mesenteroide, Lactobacillus brevis, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus curvatus, Lactobacillus delbrueckii, Pediococcus pentosaceus和Lactococcus lactis subsp. lactis。对DGGE图谱中的优势条带切割回收并进行序列比对,结果显示酸粥样品中主要的优势菌为乳杆菌、一些未培养菌以及酵母菌。其中Lactobacillus helveticus是酸粥样品中的最优势菌,出现在85.7%样品中;其次的优势菌为Lactobacillus panis,Lactobacillus fermentum,Lactobacillus brevis,Lactobacillus plantarum;Lactobacillus rossiae和Lactobacillus salivarius仅是极少量样品中的优势菌;另外,未培养菌和与已知菌同源性较低的优势菌种分别占样品量的21.4%和7%、17.9%。酸粥样品中主要的优势真菌为Trichosporon asahii,Saccharomyces cerevisiae,Geotrichum sp.和Issatchenkia orientalis。其中Issatchenkia orientalis是存在于绝大多数酸粥样品中的优势酵母菌,其它几种是少数几个酸粥样品中的优势菌。