台湾泥鳅是大鳞副鳅的改良品种,2012年台湾泥鳅开始进入大陆,因为其具有个体大、生长速率快、产量高、养殖周期短、易捕获、抗逆性强等优点,台湾泥鳅的养殖效益高,具有广阔的市场前景。泥鳅苗的成活率低是泥鳅养殖产业限制大规模发展的关键因素。以往的研究主要从养殖池的管理、亲鳅的选择、开口饵料及药物的使用等方面提高泥鳅苗的成活率,而有关泥鳅苗期肠道菌群变化的相关研究报道较少。本研究利用16S r RNA测序技术,对配合饲料喂养的泥鳅苗和自然生长的泥鳅苗在开口阶段养殖环境及肠道菌群的群落结构变化进行初步分析。泥鳅按实验设计要求养殖湖南省湘潭的某养殖基地,在泥鳅体长1cm、2cm、3cm和4cm时左右时取养殖池水样、底泥以及泥鳅苗的肠道样本进行16S r RNA测序。同时测定水质理化因子数据。结果如下:根据Alpha多样性指数分析得出,测序数据量足够,底泥中微生物群落多样性高于肠道及养殖水体微生物多样性。在肠道中,从shannon指数来看,52dph时,天然饵料组的泥鳅肠道微生物多样性最高;且随着泥鳅养殖周期配合饲料组台湾泥鳅肠道微生物多样性降低;而天然饵料组台湾泥鳅肠道微生物多样性先降低后增加。台湾泥鳅肠道养殖水体、底泥、微生物在门群落结构研究发现,养殖水体的优势门为放线菌门、变形菌门和拟杆菌门;养殖底泥中的优势门为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）和酸杆菌门（Acidobacteria）;肠道的优势门为变形菌门、厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）。厚壁菌门在肠道中占有优势但在养殖水体和底泥中不占优势。在门水平上,肠道中的优势菌群主要包括变形菌门、厚壁菌门和放线菌门。15dph时,配合饲料组和天然饵料组在优势物种组成上差异不大,配合饲料组的变形菌门丰度高于天然饵料组,放线菌门丰度低于天然饵料组。第一次取样后配合饲料组开始喂养饲料,30dph时,与对照组相比,配合饲料组泥鳅肠道微生物中变形菌门物种丰富度降低;而放线菌门和拟杆菌门相对丰度增加。在52dph时,天然饵料组的优势门出现绿弯菌门,配合饲料组变形菌门相对丰度高于天然饵料组;配合饲料组厚壁菌门和绿弯菌门相对丰度低于天然饵料组。61dph时,配合饲料组蓝细菌门和绿弯菌门的相对丰度高于天然饵料组,厚壁菌门和放线菌门的相对丰度低于天然饵料组。在属水平上,肠道中优势属为红球菌属（Rhodococcus）、不动杆菌属（Acinetobacter）、气单胞菌属（Aeromonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）、Firmicutes unclassified和乳酸杆菌属（Lactobacillus）。不同饲料喂养的泥鳅在不同阶段的优势微生物有差异。15dph时,配合饲料组红球菌属相对丰度与天然饵料组有差异。30dph时,配合饲料组的金黄色杆菌属（Chryseobacterium）、军团菌属（Legionella）相对丰度高于天然饵料组,而气单胞菌属和Firmicutes unclassified的相对丰度低于天然饵料组。52dph时,天然饵料组的物种多样性高于配合饲料组;配合饲料组中的不动杆菌属的相对丰度远高于天然饵料组。61dph时,配合饲料组中气单胞菌属、不动杆菌属和Cyanobacteria norank的物种丰富度高于天然饵料组,而天然饵料组中红球菌属、假单胞菌属、乳酸杆菌属（Lactobacillus）和拟杆菌属（Bacteroides）的相对丰度远高于配合饲料组。台湾泥鳅肠道存在罗伊氏乳杆菌、鼠乳酸杆菌等潜在益生菌,饲料会导致台湾泥鳅肠道中潜在益生菌的物种丰富度减小。在实验养殖过程中,配合饲料组乳酸杆菌属的相对丰度逐渐降低,而天然饵料组逐渐增加。Beta分析结果表明,台湾泥鳅肠道、养殖水体、底泥微生物群落结构存在差异,且配合饲料会影响台湾泥鳅苗期肠道微生物组成结构,饲料喂养的台湾泥鳅肠道微生物多样性变化比天然状况下的泥鳅要落后,且饲料喂养的台湾泥鳅微生物多样性减少。差异物种分析结果表明,在台湾泥鳅肠道样本中,52 dph时,对照组泥鳅肠道中有显著差异微生物最多,且显著差异微生物中有常见的益生菌,如枯草芽孢杆菌（Tumebacillus）。台湾泥鳅肠道存在罗伊氏乳杆菌、鼠乳酸杆菌和枯草芽孢杆菌等潜在益生菌,饲料会导致台湾泥鳅肠道中潜在益生菌的物种丰富度减小。实验结果为泥鳅肠道微生物的多样性变化提供了实验参考,在肠道微生物层面探究泥鳅苗“寸片死”的原因,为科学利用益生菌对泥鳅肠道和养殖环境中微生物群落结构进行定向改良提供理论依据。对泥鳅的养殖具有重要的参考价值。