平潭综合实验区是福建对台合作与交流的重点开发区域，是对台工作的先行先示区。两岸农业合作经过了长时间的发展，积累了较多宝贵的经验。而在此时，探索基于两岸农业合作的休闲农业的发展对平潭整体水平的发展起着至关重要的作用。本文以福建省平潭综合实验区为研究对象，通过归纳总结法、数据分析法、访谈法、实证分析等方法，对国家、福建省、平潭综合实验区扶持政策进行深入思考，研究了两岸农业合作的互惠共生、相互促进的关系，同时抓住闽台农业合作机遇，对闽台农业合作现状、平潭综合实验区的农业发展现状和休闲农业发展情况进行分析。研究结果表明：平潭的农业拥有独特的海岛风光，风景优美，生态环境资源丰富，休闲农业发展已处于初级起步阶段，随着闽台农业合作的持续发展，优势越来越突出。但是，在休闲农业开发过程中还存在一些困难和问题，主要表现为：缺乏科学合理规划和管理；休闲农业发展形式功能单一，缺少特色；基础设施落后，缺少科学技术支撑；专业队伍和人才相对缺失，供需不平衡；商业利益浓重，覆盖了应有的乡村农业气息；品牌意识薄弱，无法发挥品牌经营优势。居于此，作者提出了在加强闽台农业合作背景下，促进平潭综合实验区休闲农业发展的策略：把握好“以农为主、休闲为辅”的主线，建立海岛休闲农业品牌区；开发的过程中注重生态保护和可持续发展，合理应用市场营销的科学手段来设计旅游产品，明确目标客源市场；整合现有资源，把全区建成良性生态农业系统，开发建成具有新型种养业、休闲养生、农业技术研发等功能的休闲观光体验农业区。