近年来，电子商务产业因其便捷性和高性价比得到蓬勃发展，越来越多的人选择网上购物，然而，传统的电子商务网站大多采用文字、二维图像等较为单一的方式进行展示，忽略了用户对真实视觉感受的需求。Web3D技术的出现，使得用户有了全新的视觉体验，最终成为电子商务网站的发展趋势。在构建Web3D电子商务网站时，后台数据库的设计和优化是必不可少的步骤。本文根据Web3D电子商务网站的特点，设计了后台数据库结构，并对查询优化技术进行了研究，主要工作内容和创新点如下：　　一、从Web3D电子商务网站长远发展的角度考虑，在设计后台数据库时，采用分布式架构，便于扩充。给出了后台数据库的设计模型，采用自底向上的设计方法，首先设计局部数据库结构，然后将已有的分布在各站点的局部数据库按需要联合起来，形成分布式系统。目前已经完成单个站点数据库的设计工作，下一步将局部模式转换为全局模式。　　二、针对分布式数据库系统多表查询效率低的问题，研究分布式数据库查询优化算法，提出一种改进的基于遗传算法的分布式数据库查询优化算法。首先针对遗传算法自身易陷入早熟收敛的缺陷，利用条件采样操作，向当前种群中插入新的个体，维持了种群的多样性，防止算法得到局部最优解；其次利用马氏链模型来实时优化变异算子，确定变异算子在当前状态下的最优取值，再进行交叉和变异操作，找出最优的查询执行计划。仿真实验结果表明，本文提出的算法能有效的提升分布式数据库多表查询的效率，相比同类的改进算法，其找到最优染色体的速度提升了14％到22%。