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从贵州省遵义地区九个县市的烟草大田中采集55个烟草根际土壤样品,通过平板培养法,获得6652个细菌分离物。采用平板对峙法,以烟草黑胫病病原菌烟草疫霉(Phytophthora nicotianae)为靶标菌,获得了256株烟草根际黑胫病拮抗菌;以烟草青枯病病原菌青枯罗尔氏菌(Ralstinia solanacearum)为靶标菌,获得了178株烟草根际青枯病拮抗菌。其中31株烟草根际黑胫病拮抗菌和26株烟草根际青枯病拮抗菌具有稳定高效的拮抗作用,具有很大的生防潜力。采用BOXAIR-PCR、16S-RFLP、16S rDNA序列分析三种分子生物学方法研究了拮抗菌菌株的遗传多样性和系统发育,确定了烟草根际拮抗菌的系统发育及分类地位。BOXAIR-PCR聚类分析表明,267株烟草根际黑胫病拮抗菌在82%的相似性水平上聚在一起,并在91%的相似性水平上分成35个群。其中包括2个大群(群5,6)、21个小群和12个由单菌株组成的群;178株烟草根际青枯病拮抗菌在79%的相似性水平上聚在一起,在90.5%的相似性水平上分成41个群。其中包括2个大群(群12,13)、19个小群和20个由单菌株组成的群,表现出较大的菌株特异性。表明拮抗菌株有较强的环境适应能力,在长期进化过程中获得了丰富的遗传特性,表现出明显的遗传多样性。拮抗菌的16S-RFLP图谱显示出丰富的遗传型。267株烟草根际黑胫病拮抗菌在88.5%的相似性水平上分成25个群,其中包括2个大群(群5、6)、17个小群、6个由单菌株组成的群;178株烟草根际青枯病拮抗菌在82%的相似性水平上聚在一起,在89%的相似性水平上分成20个群,其中包括5个大群(群4、9、12、15、16)、6个小群、9个由单菌株组成的群。研究表明拮抗菌在系统发育水平上具有丰富的多样性特征。且BOXAIR-PCR聚类分析和16S-RFLP聚类分析的结果基本一致,验证了本研究的准确性。根据BOXAIR-PCR和16S-RFLP的聚类结果挑选了93株烟草根际黑胫病拮抗菌和79株烟草根际青枯病拮抗菌代表性菌株进行16S rDNA序列测定。代表菌株的16S rDNA序列分析表明,267株烟草根际黑胫病拮抗菌是由17个属构成,至少由33个种组成。芽孢杆菌属(Bacillus)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、链霉菌属(Streptomyces)和假单胞菌属(Pseudomonas)是其中的优势菌属,分别占到拮抗菌总数的34.83%、17.23%、17.23%和11.99%;178株烟草根际青枯病拮抗菌是由12个属构成,至少由36个种组成。芽孢杆菌属(Bacillus)、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)、链霉菌属(Streptomyces)和假单胞菌属(Pseudomonas)是其中的优势菌属,分别占到拮抗菌总数的40.45%、11.24%、19.66%和17.42%。研究表明烟草根际拮抗菌在系统发育水平上具有丰富的多样性特征。267株烟草根际黑胫病拮抗菌中75%的菌株是革兰氏阳性菌,仅有65株拮抗菌属于革兰氏阴性菌。其中首次发现Bacillus altitudinis、Delftia tsuruhatensis、Delftia lacustris、Streptomyces roseolus、Burkholderia arboris、Lysobacter capsici、Sinorhizobium adhaerens、Stenotrophomonas maltophilia、Advenella incenata、Kocuria palustris、Agrobacterium tumefaciens和Myroides odoratimimus对烟草黑胫病病原菌烟草疫霉具有拮抗作用;178株烟草根际青枯病拮抗菌中,革兰氏阳性菌占多数,包含135株拮抗菌,革兰氏阴性菌则仅有43株。其中首次发现Bacillus altitudinis、Bacillus silvestris、Bacillus horikoshii、Bacillus mycoides、Bacillus pseudomycoides、Brevibacillus formosus、Streptomyces tanashiensis、Streptomyces achromogenesnbrc、Streptomyces polychromogenes、Kocuria palustris、Acinetobacter lwoffii、Ensifer adhaerens、Kocuria palustris和Delftia tsuruhatensis对烟草青枯病病原菌青枯罗尔氏菌具有拮抗作用。