我国西北地区气候干旱寒冷,而锦鸡儿属植物都具有较强的适应性和耐逆性。中间锦鸡儿是我国西部地区重要的生态改良植物。目前,中间锦鸡儿耐旱的分子机制尚不完全清楚,对与耐旱性相关的重要基因认识的认识尚不清楚。本研究对不同干旱处理的中间锦鸡儿幼苗样品进行了RNA-Seq,具体结果如下:1.对中间锦鸡儿干旱处理的转录组数据分析发现,对照样品、干旱6d和12d样品的Q20（%）平均分别为98.33%、98.40%、98.28%;其Q30（%）平均分别为94.61%、94.79%、94.54%,表明本次测序所得c DNA文库质量较高。2.从RNA-Seq数据库中共获得120342个Unigenes,其中NR数据库中注释到50659个Unigenes。对干旱处理不同时间与对照之间的共有差异表达基因进行GO功能注释分类显示,它们富集为3个大类、114个小类,它们大部分聚集在金属离子结合、阳离子结合、氧化还原酶活性这些类别中。KEGG注释结果显示,差异表达基因在新陈代谢、其它生代谢产物的生物合成、转运蛋白等代谢途径中显著富集,揭示这些过程可能对中间锦鸡儿的生长发育和抗干旱胁迫具有重要意义。3.为了进一步探索与中间锦鸡儿抗旱相关的机制和基因,分别对中间锦鸡儿干旱胁迫下差异表达基因数目较多的新陈代谢通路、转运蛋白通路、苯丙烷生物合成代谢通路进行了分析:共筛选出26个新陈代谢相关的基因,且全部为下调基因;共筛选出转运蛋白相关基因11个基因,全部为下调基因;共筛选出苯丙烷生物合成代谢相关基因9个,全部为下调基因;对共差异表达的抗氧化酶基因分析结果显示,POD家族和P450家族的抗氧化酶基因分别有6个下调;对共差异表达的转录因子基因分析显示其总体趋势也以下调为主。对部分差异表达基因的转录水平进行了RT-q PCR验证,与转录组数据基本一致。上述结果表明干旱胁迫抑制了中间锦鸡儿的新陈代谢和苯丙烷生物合成途径,并下调了转运蛋白、抗氧化酶和转录因子编码基因的表达。4.从中间锦鸡儿干旱处理的转录组数据中筛选出37511个SSR和699068个SNP。本研究利用转录组测序技术分析了中间锦鸡儿幼苗在干旱胁迫下的基因表达和代谢通路,为以后探索中间锦鸡儿以分子形式发生的耐旱性提供了研究依据。