影响农产品质量安全的因素繁多,对其供应链的治理更是一个巨大复杂的系统工程。本文以保证农产品的质量安全为主线,以供应链管理理论、交易费用理论、契约理论以及演化博弈理论为指导,首先从分析我国农产品现代化供应链治理模式入手,对农超对接模式与农批对接模式进行较为客观的分析评价,指出制约这两种模式发展的原因,并对其进行比较分析；再对造成农产品质量安全存在隐患的收益分配问题和信息不对称问题进行分析,首先对农户与经销商之间的收益分配机制进行分析,再运用演化博弈模型对农户与经销商、经销商与消费者之间的战略选择进行动态分析,得出供应链各成员之间的契约合作程度以及农产品的市场初始状态是影响农产品质量安全的重要因素,如果契约合作程度高或市场初始状态良好,即假冒程度较低,市场上的农产品质量就会朝真正安全的状态演化；最后,结合国外典型农产品供应链发展模式的特征,对我国在农产品供应链安全治理方面从供应链各参与主体、农产品质量安全和政策层面给予启示。在前文研究的基础上,得出供应链治理保障农产品质量安全的改进思路,提出以紧密契约合作为基础,合理分配收益机制为纽带,建全社会信用体系,加强基础设施建设,建立以农产品质量安全信息平台为支撑的农产品供应链治理模式,整体提高农产品的质量安全水平。