随着我国经济实力的不断增强，国家也加大了对事业单位财政资金的投入，同时也进行了财政管理体制的改革，然而，在旧的事业单位管理的体制下，由于缺乏内部控制方法和风险管理意识，财政资金利用效率偏低，资金使用和监督流程存在漏洞，事业单位管理流程特别是财务方面的管控运行效率低下，甚至还会出现资金违规使用、挪用、浪费等问题，这样会大大增加我国财政压力，减缓社会公共事业的发展，使得公共服务和社会保障的质量得不到应有的体现。所以，提高事业单位内部控制管理的水平，提高事业单位的风险管理意识，加大对财务管理体制的改革就成为我国事业单位和公共服务发展的重要课题。本文第一部分介绍了我国事业单位目前财务管理的内控研究状况，同时提出了本文的研究方法和意义；第二部分介绍了我国事业单位的定义、事业单位财务管理的相关法规及其主要管理对象，并且介绍了内部控制的基础理论及其效用；第三部分找出事业单位内部财务管理控制的问题所在，并列出导致这些问题的原因，这些原因主要从事业单位体制、财务管理机制和内部控制管理三个方面进行分析。第四部分先分析了内部控制的特点和其科学性，然后从内部控制的角度针对事业单位财务管理控制存在的问题提出建议。最后得出的结论是内部控制的管理机制适合我国事业单位财务系统的管理，能够对我国事业单位财务管理存在的缺陷及问题提出相应的措施，能够使事业单位财务管理工作更加科学有效。