粮食问题是一国的根本性问题,正确计量粮食生产成本对内是保障粮食供给、粮食安全的必然要求,对外是正确评价一国粮食生产国际市场地位的基础。作为世界上主要的粮食生产国与消费国,正确、科学地核算我国粮食生产成本对我国农业发展及国际竞争力的提升具有重要意义。本文基于虚拟水理论,假设我国现有粮食成本核算体系低估和忽略了水资源要素投入,未能真正体现粮食生产成本,选取小麦、玉米、稻谷三种基本粮食,测算和分析1998-2009年12年间我国各粮食主产省粮食生产中水资源投入成本,尝试性地将水资源成本纳入到粮食成本核算体系中,具体核算步骤为：首先,借助虚拟水理论工具建立各省粮食生产虚拟水账户,对粮食生产中水资源投入进行科学量化。结果显示我国主要粮食作物虚拟水含量由高到低依次是粳稻(820)>籼稻(678)>小麦(673)>玉米(502)m3/ha。其次,将水资源投入与农产品成本收益资料中的投入产出数据相结合,运用随机前沿生产函数模型测算出各地区粮食生产的边际产量,在此基础上测算我国各粮食主产省粮食生产中的水资源机会成本,并进行了时间和空间的比较分析。结果表明现行成本核算体系在较大程度上忽略了水资源投入成本,忽略程度为中籼稻(52%)<粳稻(61%)<早籼稻(64%)<晚籼稻(68%)<小麦(79%)<玉米(97%)。从空间分布上看,地表水资源相对丰富的长江、淮河和海河流域水资源投入忽略成本高于地表水资源相对贫乏的西北、东北地区,忽略程度也呈现类似的区域分布特点。基于上述分析,结合我国农业生产主要政策,提出基于虚拟水理论的相关的政策建议及未来水资源管理改良方向：1.农业生产中虚拟水的合理估算及虚拟水账户的精确建立不但能有效提高节水意识,而且能驱使农业生产者提高水资源利用效率。2.农业基础灌溉设施投入的提高及水资源利用量化的精确核算能有效促进水资源的合理定价,充分体现水资源价值和稀缺性,只有逐步将水资源作为基本投入要素进行核算,才能进一步提高生产成本核算体系的科学性。3.鉴于玉米对水资源的高生产力和广泛适应性,加之其具有的多用途和潜在市场,可作为未来极具发展潜力的粮食作物重点扶持和鼓励。由于玉米生产中水资源机会成本高,在生产过程中更加依赖于水而非土地,在一定范围内,增加水资源的有效投入比增加土地的投入更能有效地增加玉米单产。4.在进行农业优势区域规划、产业结构调整等政策性、指导性决定时,不应仅仅以市场需求、经济增长为目标,而应适当完善我国政策评定体系,综合考虑水资源限制、环境污染、土地等因素的影响,力求自然生态系统与经济体系可持续、和谐发展。