生物多样性是地球生命经过几十亿年进化发展的结果，是生命支持系统的核心组成部分，也是人类社会赖以生存和发展的基础。生物多样性不仅为人类提供可直接利用的生物资源，还对保持生态系统的完善与稳定起着重要的作用，此外还具有不可估量的美学与文化价值。　　 我国政府一直积极地保护我国的生物多样性，与此同时，我们国家还是一个发展中国家，中西部地区特别是山区相对贫困，而水电作为清洁高效的能源供给设施，是农村的重要能源，解决了近3亿多无电人口的用电问题，但也对水电工程建设区域的生物多样性造成了一定程度的冲击甚至是破坏。生物多样性影响评价是协调山区社会经济发展与环境保护之间关系的重要工具。　　 但由于生物多样性本身的复杂性，而且包含人类社会政治、文化以及经济在内的诸多因素都会对其造成影响，生物多样性影响评价目前仍处于探索阶段，还没有一套成熟的指标体系和评价方法。　　 本文将小水电工程建设分为施工期和运行期两个阶段分析了其对生物多样性影响的主要途径，在工程建设运行的两个阶段均会造成生境的减少和破碎化以及生境的退化，是生物多样性所面临的主要威胁。　　 本文以白溪河流域水电开发建设项目为例，根据前人的研究成果，以保护生物学和景观生态学理论为基础，针对工程建设特点建立一套包含9个三级指标和11个四级指标的指标体系，对拟建在五峰县白溪河流域的水电工程的生物多样性影响进行了评价，得出评价结论：水电工程采取的是隧洞输水方式，减少了对地表植被的破坏，但工程建设和运行过程中仍然通过影响水环境、噪声、植被、景观等生态因子对后河国家级自然保护区地表水、水生生物、陆生脊椎动物和植物多样性产生一定的不利影响。其中，对大多数陆生脊椎动物只是暂时的负面影响(对水獭是正面影响)；对鱼类和两栖类有一定的负面影响；对陆生植物的影响不大。但这些影响不会引起物种的绝灭，也不会引起自然生态系统向下一级的退化；对后河国家级自然保护区主要保护对象的影响非常有限。只要采取一系列切实有效的生物多样性保护措施，特别是对水环境的保护措施，可使本水电工程建设带来的负面影响减到最小限度。　　 最后提出了相应的保护对策。