在知识经济时代,企业想要仅凭自身的资源条件立足于变化莫测的市场已然不现实。企业乃至国家之间的角逐早就把目光聚焦在象征核心竞争力的专利上,通过与供应链中的上下游企业开展技术创新合作活动,企业可以获得异质性知识,实现专利上的突破,实现单个企业无法获得的创新收益。然而受到供应链合作企业间的竞合关系的复杂性以及环境特点等因素,企业在开展合作过程中容易就知识投入、知识泄露、非法转让、许可、专利权属及利益分配等方面产生冲突,制约企业间合作活动的开展。因此,本文认为探讨供应链合作企业专利冲突具有现实意义。首先,本文对联盟知识共享、联盟知识产权冲突以及供应链合作企业专利冲突的研究现状进行梳理,总结现有的联盟知识产权冲突的影响因素,并且分为四类主题,分别是:知识、情感、利益和环境。然后本文从知识共享的角度出发,结合供应链合作背景,提炼出影响专利冲突的重要的七个因素,分别是知识因素中的知识差异性、知识吸收能力及知识投入量,情感因素中的信任,利益因素中的收益分配比例和违约金,引入合作行为规范成本来综合反映合作环境。通过建立供应链合作企业专利冲突的演化博弈模型,分四种情况讨论双方的演化稳定策略,绘制演化相位图展示企业策略选择的演化路径。经过分析发现只有在情况Ⅰ下,双方才有向（可协调冲突,可协调冲突）策略方向演化的可能性,利用求偏导得出各个因素与选择最优策略概率的关系。最后结合现实案例用Matlab软件建立数值仿真,模拟各个参数对企业选择策略的影响路径,验证了上述结论。通过分析得出,知识差异性、知识吸收能力和违约金有助于促进双方协调专利冲突,继续开展合作;合作行为规范成本则不利于专利冲突的缓解;存在符合条件的知识投入量和双合作收益分配比例使得双方协调专利冲突的意愿最大;信任与企业选择可协调专利冲突的概率的单调性关系虽未知,但是仿真结果显示,信任为0时系统最终会向（0,0）演化,随着双方信任程度的增加,系统开始向（1,1）转化,但是随着信任程度越来越大,信任的边际效应快速下降,向（0,0）演化的速度没有明显提升,反而几乎停滞。这和现有学者提出的信任的U型作用相似,告诫管理者们即使在高度信任的环境下,也要做好保护相关知识产权的监督工作。本文的创新点在于视专利冲突为动态的过程,从知识共享的角度研究供应链合作背景下企业专利冲突的影响因素和影响路径,利用Matlab软件模拟企业双方随时间变化的策略选择及其影响因素,丰富了联盟知识产权冲突的相关研究,为供应链合作企业缓解专利冲突提出相应的建议。