中国银行业和证券业在当前分业经营和分业监管模式下，受利益和客户的推动创造了很多基于业务交叉或创新的银证合作方式，但从目前的实际情况看，一方面证券行业的潜在风险依然大量存在，另一方面商业银行的产品更趋于多样化、系统更趋于自动化、风险更趋于复杂化，这对商业银行在银证合作业务中内部控制体系的构建、完善提出了更高的要求。本文正是基于这种考虑，研究如何在银证合作业务模式下，通过完善商业银行内部控制体系等手段，实现商业银行的可持续发展。　　商业银行的内部控制理论经过数十年的发展，在控制目标、内涵、整体框架、构成要素与基本原则等方面均取得了很大发展。COSO报告中提出了内部控制应包括控制环境、风险评估、控制活动、信息和沟通、监督与审查五大要素，目前世界几个主流的内部控制模式均与五要素框架紧密相关，而巴塞尔委员会在COSO框架基础上，提出了商业银行内部控制的十三条原则，为各国的商业银行内部控制提供了可借鉴的模式和方向。我国有关管理部门也参考国际准则和先进经验，制定了一系列的商业银行内部控制指导文件，周慧等专家学者也提出了在内部控制工作中应遵循的成本收益、协调配合、相互牵制、整体结构、控制手段现代化以及控制系统动态化等原则。以上这些理论对本文的研究都有指导意义。　　在我国加入世界贸易组织后，中国金融市场的开放应当服从于《服务贸易总协定》的基本原则和金融服务协议，遵守我国在开放金融服务方面的承诺，并且在目前的市场经济条件下，金融机构的业务活动必须以客户需求为导向，而客户的金融知识日益在丰富，对全方位的金融服务也提出了更高的要求，这些都促使商业银行不断开拓新的业务领域，并逐渐使原来较为清晰的业务领域划分变得模糊起来，在多个领域形成业务交叉，在这种背景下，银证合作成为商业银行拓展业务的必然结果。　　银证合作的业务种类较多，根据国内外银证合作的发展情况，大致可以分为资金清算、资金融通、理财及创新等几种类型。从银证合作的契约特点来分类，主要包括基于物权交易的合作契约、基于信用扩张的资金转移契约、基于衍生品交易的资金转移契约和基于股权融合的契约四种类型。随着2002至2005年国内资本市场的持续低迷，证券公司积累的系统性风险集中爆发，充分暴露了我国证券公司存在的内部控制制度执行不力和设计存在缺陷的问题，在这种状况下中国证监会陆续出台了一系列对证券公司加强监管的政策措施，特别是对证券公司代理证券交易、资产管理、融资融券等业务都引入了商业银行对证券公司业务的监管，因此商业银行对证券公司的监管成为当前银证合作业务的最新特点，其中最具代表性的就是自2006年底开始实施的客户交易结算资金第三方存管业务。　　本文以商业银行与证券公司在客户交易结算资金第三方存管业务模式下的合作为实证，分析该模式下商业银行存在的主要风险，并试图提出较为可行的解决方案。通过对第三方存管业务的研究，我们看到商业银行在该模式下比较突出的风险主要有信用风险、操作风险和信息系统风险。信用风险指交易对象违约及交易对象信用评级、履约能力变动而给商业银行带来的潜在风险。在第三方存管业务中，商业银行的信用风险主要表现在对证券公司进行授信，开展法人账户透支等业务，其内部控制至少要涵盖建立适当的信用风险内部控制环境、建立完善的授信程序和保持适当的授信管理、计量和监测程序等内容。操作风险指由于人员的不当行为或不当人事管理、流程不合理以及不利的外部事件造成直接或间接损失的行为。操作风险是第三方存管业务中最重要的风险，针对其业务特点，还可细分为交易处理风险、欺诈风险、法律风险和监管风险等几类，对该类风险的控制主要包括内部控制原则、组织构架、内部控制环境、内部控制流程等几个方面。信息系统风险:主要是指银行计算机系统出现的问题给银行业务带来的风险。第三方存管业务是大量依靠信息系统和电子银行完成的工作，且证券市场行情波动大，客户交易对实时性的要求远远高于货币市场，一旦商业银行的信息系统出现故障或中断，可能给商业银行带来巨大的损失，因此防范信息系统风险显得尤为重要，对该类风险的控制主要包括建立科学合理的组织架构，不断完善计算机和电讯系统安全性措施，切实提高电子银行系统风险防范力度，并且需要加强由于信息系统原因带来的法律和声誉风险的内部控制措施。　　本文通过对第三方存管模式下商业银行内部控制的研究分析，提出了商业银行在持续发展的过程中，应不断完善内控体系的中长期规划，明确内部控制体系总体要求和目标;完善公司治理结构，确保内部控制机制的高效运转;整合内部控制制度，规范业务操作流程;完善操作风险防范体系，提高操作风险防控能力;深化内部控制评价，加大内控工作力度;完善信息交流机制，加强内部控制和外部监管的协调与沟通;加强教育监督管理，切实防范道德风险等建议。　　本文以对商业银行与证券公司的合作内容分析为切入点，以由此可能给商业银行带来的风险点变化为基础，借鉴国内外先进的内部控制理论，对商业银行在银证合作业务中的风险进行了内部控制设计，其中在客户交易结算资金第三方存管模式下商业银行内部控制的实证研究是本文的创新之处。由于银证合作的各项业务模式尚属探索或初步实施阶段，因此对风险和内部控制的分析主要基于本人以往的实践经验和对相应理论的理解，且到目前为止没有大量的案例佐证，使本文的观点难免有一定的局限性和不成熟之处，还需要不断的学习和改进。