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当前,我国经济进入新常态,中央着力加强供给侧结构性改革。从供给侧角度来看,现代经济增长的主要驱动力主要是技术进步和效率提高。高新技术产业日益成为中国经济快速发展,产业结构优化升级的重要推手。目前山东省高新技术产业稳步增长,成绩显著,但是其内部结构还不完全合理,高耗能、低产出的现象仍然存在。因此,我们需要有效评价山东省高新技术产业技术创新效率,完善山东省高新技术产业发展水平,进而提升山东省的综合经济实力。针对以上问题,本文进行了以下研究:(1)本文通过介绍核心概念,构造了高新技术产业技术创新系统,将该系统分成两个阶段:技术开发阶段和技术转化阶段。根据高新技术产业技术创新系统两个阶段的划分,将高新技术产业技术创新系统的效率分为技术开发效率和技术转化效率。(2)针对传统DEA模型的缺陷以及大多数两阶段DEA模型的不足,本文介绍了共享投入型两阶段DEA模型,并构建了共享投入型的高新技术产业技术创新系统。其中,R&D活动人员折合全时当量和R&D经费内部支出为共享投入要素。通过将共享投入型两阶段DEA模型与传统DEA模型的实证结果比较发现:两个模型的效率值分布状态是一致的,同时共享投入型两阶段DEA模型能够充分地了解高新技术产业技术创新系统的现状。因此,本文选用共享投入型两阶段DEA模型进行实证分析。(3)利用共享投入型两阶段DEA模型,在CRS和VRS的假设下分别将山东省与全国其他地区2012-2016年高新技术产业技术创新效率进行了实证研究,并且对山东省的五大高新技术行业技术创新效率进行了实证分析。研究结果表明:(1)尽管山东省高新技术产业技术创新效率大体呈增长趋势,不过,无论是从山东省高新技术产业技术创新系统整体来看,还是从技术创新系统的两个阶段来看,高新技术产业技术创新的综合效率和纯技术效率值都偏低。(2)通过对山东省五大高新技术行业技术创新效率的实证分析发现:医药制造业不论是技术创新系统综合效率还是两个阶段的效率都较高,其他四个行业的效率值都很低,对此,本文给出了一些具体地提高山东省高新技术产业技术创新效率的建议。(3)共享投入型两阶段DEA模型突破了传统DEA模型将高新技术产业技术创新系统当作“黑箱”,以及大多数两阶段DEA模型没有考虑高新技术产业技术创新系统关联关系的局限性。不过,从实证结果来看,本文得到的共享投入要素在两个阶段的分配比例是最优分配,并不是高新技术产业的实际分配比例。在以后的研究中,可以通过实际调查,限定分配比例的取值范围约束共享投入型两阶段DEA模型,从而得到更真实的技术创新效率值。